1985年12月,王小謨被任命為38所所長(zhǎng),。1988年底,,38所調(diào)整遷建終于正式啟動(dòng),38所整體遷建安徽合肥,。
在調(diào)整遷建過(guò)程中,,王小謨率領(lǐng)38所干部職工一方面穩(wěn)妥完成了千頭萬(wàn)緒的遷建任務(wù),另一方面又全力保證科研生產(chǎn)不受影響,。按照王小謨發(fā)展出口裝備創(chuàng)匯的思路,,38所自主研制生產(chǎn)了JY-9、384等先進(jìn)雷達(dá),,成功開(kāi)拓了國(guó)際市場(chǎng),,不僅解決了38所遷建合肥資金匱乏的問(wèn)題,完成了38所的“二次創(chuàng)業(yè)”,,更創(chuàng)造了中國(guó)雷達(dá)出口的新奇跡,。1995年,JY-9雷達(dá)榮獲國(guó)家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎(jiǎng),。
1992年2月,,王小謨被任命為中國(guó)電子工業(yè)總公司軍工局局長(zhǎng),時(shí)年54歲的王小謨由此開(kāi)啟了預(yù)警機(jī)裝備的論證與研制之路,,推動(dòng)實(shí)現(xiàn)了我國(guó)國(guó)土防空網(wǎng)從地面向空中的飛躍,,更是推動(dòng)實(shí)現(xiàn)了我國(guó)從國(guó)土防空向攻防兼?zhèn)涞闹卮筠D(zhuǎn)型。
1992年,,我國(guó)正式啟動(dòng)與國(guó)外先進(jìn)國(guó)家的合作研制,;1993年6月,王小謨調(diào)任電子科學(xué)研究院常務(wù)副院長(zhǎng),,并出任中方負(fù)責(zé)人,。研制過(guò)程中,王小謨創(chuàng)造性提出背負(fù)式,、大圓盤,、三面有源相控陣?yán)走_(dá)的新型預(yù)警機(jī)方案,同時(shí)力排眾議,,堅(jiān)持同步安排國(guó)內(nèi)配套研制,,使得我國(guó)在較短時(shí)間內(nèi)掌握了相控陣?yán)走_(dá)收發(fā)組件、大型天線罩和系統(tǒng)軟件等重大關(guān)鍵技術(shù),,從而將預(yù)警機(jī)發(fā)展的主動(dòng)權(quán)掌握在自己手里,。
2000年7月,在西方大國(guó)的阻撓和施壓下,,外方選擇單方面撕毀合作合同,,我國(guó)預(yù)警機(jī)裝備發(fā)展面臨何去何從的關(guān)鍵時(shí)刻。王小謨堅(jiān)持自主研制,,大力推動(dòng)國(guó)內(nèi)立項(xiàng),。時(shí)任國(guó)家主席江澤民同志作出重要批示:“研制部門一定要爭(zhēng)口氣,否則總是要被人卡脖子,!”造出中國(guó)人自己的“爭(zhēng)氣機(jī)”,,就是以王小謨?yōu)榇淼膹V大科研人員為之舍命奮斗、協(xié)同攻關(guān)的事業(yè)和信念,。