最大的疑問在于誰是兇手，特別是誰是幕后主使。當被認為兇手的李·哈維·奧斯瓦爾德被逮捕時,，他不停高喊：“我沒殺肯尼迪總統(tǒng)！我沒有殺害任何人,！我什么都不知道！”

報道稱,，到底是什么原因讓奧斯瓦爾德朝著時年46歲的肯尼迪開槍,，坊間出現(xiàn)了多種陰謀論。甚至有人認為這是一起規(guī)模龐大的陰謀,，中央情報局,、克格勃和聯(lián)邦調(diào)查局，乃至時任副總統(tǒng)林登·約翰遜都被懷疑卷入其中,。

更令人生疑的是,，嫌犯奧斯瓦爾德在兩天之后被另一個神秘人物杰克·魯比槍殺,，而魯比在4年后也離奇死亡了。據(jù)說魯比殺死奧斯瓦爾德是為了滅口,，好讓世人永遠不知道幕后主使是誰,。雖然這兩個人已經(jīng)無法再作任何解釋，但有關(guān)肯尼迪死因的謎團并沒有隨著時間流逝而被人們遺忘,。

報道稱,，還有人懷疑黑幫卷入了這場刺殺陰謀。早有坊間傳言稱,，肯尼迪本人當初就是在黑幫的助推之下才當上總統(tǒng)的,。美國導演奧利弗·斯通在電影《刺殺肯尼迪》當中就大膽提出了黑幫論的假設(shè)。在影片當中,，刺殺總統(tǒng)的行動是中情局和軍方情報部門聯(lián)合黑幫的杰作,，而奧斯瓦爾德只是一只替罪羔羊。