最大的疑問在于誰是兇手,，特別是誰是幕后主使,。當(dāng)被認(rèn)為兇手的李·哈維·奧斯瓦爾德被逮捕時(shí),，他不停高喊：“我沒殺肯尼迪總統(tǒng),！我沒有殺害任何人！我什么都不知道,！”

報(bào)道稱，到底是什么原因讓奧斯瓦爾德朝著時(shí)年46歲的肯尼迪開槍，坊間出現(xiàn)了多種陰謀論,。甚至有人認(rèn)為這是一起規(guī)模龐大的陰謀，中央情報(bào)局,、克格勃和聯(lián)邦調(diào)查局,，乃至?xí)r任副總統(tǒng)林登·約翰遜都被懷疑卷入其中。

更令人生疑的是,，嫌犯奧斯瓦爾德在兩天之后被另一個(gè)神秘人物杰克·魯比槍殺,，而魯比在4年后也離奇死亡了。據(jù)說魯比殺死奧斯瓦爾德是為了滅口,，好讓世人永遠(yuǎn)不知道幕后主使是誰,。雖然這兩個(gè)人已經(jīng)無法再作任何解釋，但有關(guān)肯尼迪死因的謎團(tuán)并沒有隨著時(shí)間流逝而被人們遺忘,。

報(bào)道稱,，還有人懷疑黑幫卷入了這場刺殺陰謀。早有坊間傳言稱,，肯尼迪本人當(dāng)初就是在黑幫的助推之下才當(dāng)上總統(tǒng)的,。美國導(dǎo)演奧利弗·斯通在電影《刺殺肯尼迪》當(dāng)中就大膽提出了黑幫論的假設(shè)。在影片當(dāng)中,，刺殺總統(tǒng)的行動是中情局和軍方情報(bào)部門聯(lián)合黑幫的杰作,，而奧斯瓦爾德只是一只替罪羔羊。