最大的疑問在于誰是兇手,，特別是誰是幕后主使。當(dāng)被認為兇手的李·哈維·奧斯瓦爾德被逮捕時，他不停高喊：“我沒殺肯尼迪總統(tǒng),！我沒有殺害任何人！我什么都不知道！”

報道稱，到底是什么原因讓奧斯瓦爾德朝著時年46歲的肯尼迪開槍,，坊間出現(xiàn)了多種陰謀論。甚至有人認為這是一起規(guī)模龐大的陰謀,，中央情報局,、克格勃和聯(lián)邦調(diào)查局，乃至?xí)r任副總統(tǒng)林登·約翰遜都被懷疑卷入其中,。

更令人生疑的是,，嫌犯奧斯瓦爾德在兩天之后被另一個神秘人物杰克·魯比槍殺，而魯比在4年后也離奇死亡了,。據(jù)說魯比殺死奧斯瓦爾德是為了滅口,，好讓世人永遠不知道幕后主使是誰。雖然這兩個人已經(jīng)無法再作任何解釋,，但有關(guān)肯尼迪死因的謎團并沒有隨著時間流逝而被人們遺忘,。

報道稱，還有人懷疑黑幫卷入了這場刺殺陰謀,。早有坊間傳言稱,，肯尼迪本人當(dāng)初就是在黑幫的助推之下才當(dāng)上總統(tǒng)的。美國導(dǎo)演奧利弗·斯通在電影《刺殺肯尼迪》當(dāng)中就大膽提出了黑幫論的假設(shè),。在影片當(dāng)中,，刺殺總統(tǒng)的行動是中情局和軍方情報部門聯(lián)合黑幫的杰作，而奧斯瓦爾德只是一只替罪羔羊,。