謝長(zhǎng)廷揚(yáng)言,，日本人對(duì)自己的健康比臺(tái)灣地區(qū)更重視，管理也更嚴(yán)格,，不可能有檢驗(yàn)不合格的危險(xiǎn)的食物還能在超市販?zhǔn)?，立?chǎng)可說(shuō)是力挺日本。

2018年8月，全臺(tái)首座慰安婦銅像落成,，不過(guò)謝長(zhǎng)廷卻主動(dòng)在臉書上以中文和日文發(fā)文,，指臺(tái)灣地區(qū)內(nèi)部有人蓄意擴(kuò)大日本與臺(tái)當(dāng)局矛盾，作用在破壞日本與臺(tái)當(dāng)局關(guān)系,。此話隨即引來(lái)外界批評(píng),，質(zhì)疑他究竟是“駐日代表”還是“日本代表”？更有人直接批評(píng)謝長(zhǎng)廷是漢奸,。

2018年9月，臺(tái)風(fēng)“飛燕”侵襲日本,，世界各地?cái)?shù)千旅客受困關(guān)西機(jī)場(chǎng),，臺(tái)當(dāng)局“駐日單位”也因?yàn)橐驊?yīng)作為不夠積極遭到批評(píng)。據(jù)了解,，臺(tái)當(dāng)局“大阪辦事處處長(zhǎng)”蘇啟誠(chéng)為此遭到嚴(yán)厲批評(píng),，并被上級(jí)要求寫檢討報(bào)告，因不堪受辱而輕生,。

臺(tái)當(dāng)局前外事主管部門負(fù)責(zé)人歐鴻煉曾上節(jié)目痛批,，是臺(tái)“駐日代表”謝長(zhǎng)廷“逼死了這個(gè)蘇啟誠(chéng)”，有網(wǎng)友也在節(jié)目網(wǎng)頁(yè)下方留下“惡劣的謝‘代表’”等負(fù)面評(píng)論,。曾是謝長(zhǎng)廷競(jìng)選時(shí)網(wǎng)絡(luò)執(zhí)行長(zhǎng)的“卡神”楊蕙如,，當(dāng)時(shí)利用網(wǎng)軍污蔑臺(tái)“駐大阪辦事處”，被認(rèn)為是間接造成蘇啟誠(chéng)輕生的原因之一,。楊蕙如與網(wǎng)軍蔡福明皆被臺(tái)灣檢方起訴“侮辱公署罪”,，最終，臺(tái)灣“高等法院”將她依法判刑5月,。

2020年,，釣魚島爭(zhēng)議再起,，日本沖繩石垣市議會(huì)通過(guò)將釣魚島及附屬島嶼的所在行政區(qū)名,，從“登野城”變更為“登野城尖閣”,。謝長(zhǎng)廷卻發(fā)文稱,，日本對(duì)釣魚島有“事實(shí)管領(lǐng)權(quán),，有網(wǎng)友即在留言區(qū)質(zhì)問(wèn)寫成他，到底是哪里的“駐日代表”,？

而謝長(zhǎng)廷也經(jīng)常讓民進(jìn)黨當(dāng)局為難,，包括2020年，?？吭谌毡緳M濱港的“鉆石公主號(hào)”郵輪上的船客深陷新冠疫情,。謝長(zhǎng)廷不顧臺(tái)當(dāng)局“疫情指揮中心”，在臉書上表示已詢問(wèn)郵輪上的每位臺(tái)灣乘客的意愿,，他們對(duì)于臺(tái)當(dāng)局有意派包機(jī)接回一事表示感謝,，但希望低調(diào)回臺(tái)，且回臺(tái)灣不必再隔離,。

另外,，2021年，大陸因驗(yàn)出蟲害而暫停輸入臺(tái)灣菠蘿（鳳梨）,，民進(jìn)黨當(dāng)局?jǐn)M轉(zhuǎn)向開辟日本市場(chǎng),。謝長(zhǎng)廷卻在臉書上公開說(shuō)，這么直接要求日本購(gòu)買,，多少是賣人情,，價(jià)錢不易高，數(shù)量不會(huì)多,。

而日本去年8月正式啟動(dòng)福島電廠核污水排海作業(yè),，引發(fā)周邊國(guó)家和地區(qū)的強(qiáng)烈不滿。值此之際,，謝長(zhǎng)廷卻在臉書發(fā)文表示,，“311地震”后，世人對(duì)放射性的議題有些敏感,，“其實(shí)微量的放射性元素反而對(duì)身體有益”,，例如臺(tái)灣的北投溫泉、日本玉川溫泉,，同樣引起島內(nèi)輿論嘩然,。