在百萬(wàn)裁軍的大背景下,，中共中央、中央軍委下決心成立這所我軍最高軍事學(xué)府,，從根本上講是為了“培養(yǎng)陸,、海、空軍軍以上軍事,、政治,、后勤指揮干部，大軍區(qū)以上高級(jí)參謀人員,，軍隊(duì)高級(jí)力量研究人員和省以上政府有關(guān)部門(mén)的領(lǐng)導(dǎo)干部,，并從事有關(guān)戰(zhàn)略和國(guó)防現(xiàn)代化建設(shè)問(wèn)題的研究，為軍委,、總部決策起咨詢(xún)作用”,。

1985年11月30日，軍委主席鄧小平簽署《國(guó)防大學(xué)領(lǐng)導(dǎo)班子配備》的命令,，正式任命張震為國(guó)防大學(xué)校長(zhǎng),，李德生為政治委員。根據(jù)12月24日簽署的《成立中國(guó)人民解放軍國(guó)防大學(xué)》命令及軍委批復(fù)，新組建的國(guó)防大學(xué)機(jī)關(guān)設(shè)“四部（訓(xùn)練部,、政治部,、科研部、校務(wù)部）一辦（校辦公室）”,，教學(xué)機(jī)構(gòu)由戰(zhàn)略,、戰(zhàn)役、軍隊(duì)指揮,、軍兵種,、外軍、馬克思主義理論,、中共黨史黨建政治工作,、世界經(jīng)濟(jì)政治、后勤,、外訓(xùn),、科技、外語(yǔ)教研室和電化教學(xué)中心共13個(gè)單位組成,。國(guó)防研究系,、基本一系、基本二系,、進(jìn)修系,、外訓(xùn)系和研究生院構(gòu)成了學(xué)員的管理機(jī)構(gòu)。

2003年9月,，中央軍委決定裁減員額20萬(wàn)人,。受此影響，國(guó)防大學(xué)在保留了機(jī)關(guān)原有的“四部制”的基礎(chǔ)上,，根據(jù)教學(xué)科研的實(shí)際需要，將原先設(shè)立的13個(gè)教研部門(mén)（中心）整合為戰(zhàn)略,、戰(zhàn)役,、馬克思主義、信息作戰(zhàn)與指揮訓(xùn)練,、軍隊(duì)建設(shè)與軍隊(duì)政治工作,、軍事后勤與軍事科技裝備共6個(gè)教研部。

2012年,，國(guó)防大學(xué)再次實(shí)施編制體制調(diào)整,，主要是對(duì)現(xiàn)有的5所學(xué)院管理機(jī)構(gòu)全面實(shí)施院校體制。由于外訓(xùn)系已于2004年5月的編制調(diào)整中撤系建院,，成立了國(guó)防大學(xué)防務(wù)學(xué)院,。而國(guó)防大學(xué)研究生院自1988年4月30日成立之日起就是院校體制，因此在此次編制調(diào)整過(guò)程中所涉及的主要是國(guó)防研究系,、基本系和進(jìn)修系3家單位,。其中原國(guó)防研究系更名為國(guó)防大學(xué)國(guó)防安全學(xué)院,，由副軍級(jí)升格為正軍級(jí)，主要培養(yǎng)部隊(duì)軍職以上和地方省部級(jí)領(lǐng)導(dǎo)干部,。

原基本系成為國(guó)防大學(xué)聯(lián)合指揮與參謀學(xué)院,，主要承擔(dān)指揮員班、參謀班,、師團(tuán)職領(lǐng)導(dǎo)干部班,、中青年領(lǐng)導(dǎo)干部班和高級(jí)領(lǐng)率機(jī)關(guān)工作培訓(xùn)班、全軍聯(lián)合參謀超前培養(yǎng)班的培訓(xùn)任務(wù),。

原進(jìn)修系更名為國(guó)防大學(xué)進(jìn)修學(xué)院,，仍為副軍級(jí)編制。主要擔(dān)負(fù)著我軍和武警部隊(duì)中高級(jí)軍官在職繼續(xù)進(jìn)修培訓(xùn)任務(wù),，以及中央國(guó)家機(jī)關(guān)司局級(jí)以上領(lǐng)導(dǎo)干部和地方省市區(qū)干部等關(guān)于國(guó)家安全和軍隊(duì)建設(shè)方面的教育培訓(xùn)任務(wù),。