在百萬裁軍的大背景下，中共中央,、中央軍委下決心成立這所我軍最高軍事學(xué)府,，從根本上講是為了“培養(yǎng)陸,、海,、空軍軍以上軍事、政治,、后勤指揮干部,，大軍區(qū)以上高級參謀人員，軍隊高級力量研究人員和省以上政府有關(guān)部門的領(lǐng)導(dǎo)干部,，并從事有關(guān)戰(zhàn)略和國防現(xiàn)代化建設(shè)問題的研究,，為軍委、總部決策起咨詢作用”,。

1985年11月30日,，軍委主席鄧小平簽署《國防大學(xué)領(lǐng)導(dǎo)班子配備》的命令，正式任命張震為國防大學(xué)校長,，李德生為政治委員,。根據(jù)12月24日簽署的《成立中國人民解放軍國防大學(xué)》命令及軍委批復(fù)，新組建的國防大學(xué)機(jī)關(guān)設(shè)“四部（訓(xùn)練部,、政治部,、科研部、校務(wù)部）一辦（校辦公室）”,，教學(xué)機(jī)構(gòu)由戰(zhàn)略,、戰(zhàn)役、軍隊指揮,、軍兵種,、外軍、馬克思主義理論,、中共黨史黨建政治工作,、世界經(jīng)濟(jì)政治、后勤,、外訓(xùn),、科技、外語教研室和電化教學(xué)中心共13個單位組成,。國防研究系,、基本一系、基本二系,、進(jìn)修系,、外訓(xùn)系和研究生院構(gòu)成了學(xué)員的管理機(jī)構(gòu)。

2003年9月,，中央軍委決定裁減員額20萬人,。受此影響，國防大學(xué)在保留了機(jī)關(guān)原有的“四部制”的基礎(chǔ)上，根據(jù)教學(xué)科研的實際需要,，將原先設(shè)立的13個教研部門（中心）整合為戰(zhàn)略,、戰(zhàn)役、馬克思主義,、信息作戰(zhàn)與指揮訓(xùn)練,、軍隊建設(shè)與軍隊政治工作、軍事后勤與軍事科技裝備共6個教研部,。

2012年,，國防大學(xué)再次實施編制體制調(diào)整，主要是對現(xiàn)有的5所學(xué)院管理機(jī)構(gòu)全面實施院校體制,。由于外訓(xùn)系已于2004年5月的編制調(diào)整中撤系建院,，成立了國防大學(xué)防務(wù)學(xué)院。而國防大學(xué)研究生院自1988年4月30日成立之日起就是院校體制,，因此在此次編制調(diào)整過程中所涉及的主要是國防研究系,、基本系和進(jìn)修系3家單位。其中原國防研究系更名為國防大學(xué)國防安全學(xué)院,，由副軍級升格為正軍級,，主要培養(yǎng)部隊軍職以上和地方省部級領(lǐng)導(dǎo)干部。

原基本系成為國防大學(xué)聯(lián)合指揮與參謀學(xué)院,，主要承擔(dān)指揮員班,、參謀班、師團(tuán)職領(lǐng)導(dǎo)干部班,、中青年領(lǐng)導(dǎo)干部班和高級領(lǐng)率機(jī)關(guān)工作培訓(xùn)班,、全軍聯(lián)合參謀超前培養(yǎng)班的培訓(xùn)任務(wù)。

原進(jìn)修系更名為國防大學(xué)進(jìn)修學(xué)院,，仍為副軍級編制,。主要擔(dān)負(fù)著我軍和武警部隊中高級軍官在職繼續(xù)進(jìn)修培訓(xùn)任務(wù)，以及中央國家機(jī)關(guān)司局級以上領(lǐng)導(dǎo)干部和地方省市區(qū)干部等關(guān)于國家安全和軍隊建設(shè)方面的教育培訓(xùn)任務(wù),。