1988年4月，在七屆全國人大一次會議上被任命為國務(wù)院總理,。他堅(jiān)決貫徹治理整頓和深化改革的方針,，探索對國民經(jīng)濟(jì)進(jìn)行宏觀調(diào)控的新手段和新方法，推動我國經(jīng)濟(jì)擺脫困境,、進(jìn)入新的發(fā)展時期,。1989年春夏之交的政治風(fēng)波中，在以鄧小平同志為代表的老一輩無產(chǎn)階級革命家堅(jiān)決支持下,，李鵬同志旗幟鮮明,，和中央政治局大多數(shù)同志一道，采取果斷措施制止動亂,，平息反革命暴亂,，穩(wěn)定了國內(nèi)局勢，在這場關(guān)系黨和國家前途命運(yùn)的重大斗爭中發(fā)揮了重要作用,。

1989年6月中共十三屆四中全會后,，作為以江澤民同志為核心的中央領(lǐng)導(dǎo)集體的重要成員，李鵬同志高舉鄧小平理論和“三個代表”重要思想偉大旗幟,，深入貫徹黨的十一屆三中全會以來的路線方針政策,，為黨和國家事業(yè)發(fā)展殫精竭慮,。1992年10月，李鵬同志在中共十四屆一中全會上再次當(dāng)選為中央政治局委員,、常委,。1993年3月，在八屆全國人大一次會議上,，他再次被任命為國務(wù)院總理,。鄧小平同志發(fā)表南方談話后，他積極支持,、宣傳和貫徹鄧小平同志改革開放的思想主張,，堅(jiān)決貫徹黨的十四大精神，加快社會主義市場經(jīng)濟(jì)體制改革步伐,，擴(kuò)大對外開放,，加強(qiáng)和改善宏觀調(diào)控，在黨中央領(lǐng)導(dǎo)下主持制定“九五”計(jì)劃,，布局建設(shè)一批國家重大項(xiàng)目,，推動國民經(jīng)濟(jì)持續(xù)快速健康發(fā)展。

1997年9月,，李鵬同志在中共十五屆一中全會上又一次當(dāng)選為中央政治局委員,、常委。1998年3月,，在九屆全國人大一次會議上,，他當(dāng)選為全國人民代表大會常務(wù)委員會委員長。

到中央工作后,，李鵬同志兼任國家教育委員會主任、國務(wù)院環(huán)境保護(hù)委員會主任,、中央專委會主任,、國家科技領(lǐng)導(dǎo)小組組長、中央外事工作領(lǐng)導(dǎo)小組組長等,，在科技,、教育、環(huán)保,、外交和國防工業(yè)等領(lǐng)域傾注了大量心血,。他貫徹“科學(xué)技術(shù)是第一生產(chǎn)力”思想和優(yōu)先發(fā)展教育戰(zhàn)略，大力推進(jìn)科技體制,、教育體制改革,，認(rèn)真落實(shí)知識分子政策，提高了國家整體科技實(shí)力,，為改革開放各條戰(zhàn)線輸送了大批人才,。