1988年4月,，在七屆全國(guó)人大一次會(huì)議上被任命為國(guó)務(wù)院總理。他堅(jiān)決貫徹治理整頓和深化改革的方針，探索對(duì)國(guó)民經(jīng)濟(jì)進(jìn)行宏觀調(diào)控的新手段和新方法,，推動(dòng)我國(guó)經(jīng)濟(jì)擺脫困境,、進(jìn)入新的發(fā)展時(shí)期。1989年春夏之交的政治風(fēng)波中,，在以鄧小平同志為代表的老一輩無(wú)產(chǎn)階級(jí)革命家堅(jiān)決支持下,，李鵬同志旗幟鮮明，和中央政治局大多數(shù)同志一道,，采取果斷措施制止動(dòng)亂,，平息反革命暴亂，穩(wěn)定了國(guó)內(nèi)局勢(shì),，在這場(chǎng)關(guān)系黨和國(guó)家前途命運(yùn)的重大斗爭(zhēng)中發(fā)揮了重要作用,。

1989年6月中共十三屆四中全會(huì)后，作為以江澤民同志為核心的中央領(lǐng)導(dǎo)集體的重要成員,，李鵬同志高舉鄧小平理論和“三個(gè)代表”重要思想偉大旗幟,，深入貫徹黨的十一屆三中全會(huì)以來(lái)的路線方針政策，為黨和國(guó)家事業(yè)發(fā)展殫精竭慮,。1992年10月,，李鵬同志在中共十四屆一中全會(huì)上再次當(dāng)選為中央政治局委員、常委,。1993年3月,，在八屆全國(guó)人大一次會(huì)議上，他再次被任命為國(guó)務(wù)院總理,。鄧小平同志發(fā)表南方談話后,，他積極支持、宣傳和貫徹鄧小平同志改革開(kāi)放的思想主張,，堅(jiān)決貫徹黨的十四大精神,，加快社會(huì)主義市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)體制改革步伐，擴(kuò)大對(duì)外開(kāi)放,，加強(qiáng)和改善宏觀調(diào)控,，在黨中央領(lǐng)導(dǎo)下主持制定“九五”計(jì)劃，布局建設(shè)一批國(guó)家重大項(xiàng)目,，推動(dòng)國(guó)民經(jīng)濟(jì)持續(xù)快速健康發(fā)展,。

1997年9月，李鵬同志在中共十五屆一中全會(huì)上又一次當(dāng)選為中央政治局委員,、常委,。1998年3月，在九屆全國(guó)人大一次會(huì)議上,，他當(dāng)選為全國(guó)人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)委員長(zhǎng),。

到中央工作后,，李鵬同志兼任國(guó)家教育委員會(huì)主任、國(guó)務(wù)院環(huán)境保護(hù)委員會(huì)主任,、中央專(zhuān)委會(huì)主任,、國(guó)家科技領(lǐng)導(dǎo)小組組長(zhǎng)、中央外事工作領(lǐng)導(dǎo)小組組長(zhǎng)等,，在科技,、教育、環(huán)保,、外交和國(guó)防工業(yè)等領(lǐng)域傾注了大量心血,。他貫徹“科學(xué)技術(shù)是第一生產(chǎn)力”思想和優(yōu)先發(fā)展教育戰(zhàn)略，大力推進(jìn)科技體制,、教育體制改革，認(rèn)真落實(shí)知識(shí)分子政策,，提高了國(guó)家整體科技實(shí)力,，為改革開(kāi)放各條戰(zhàn)線輸送了大批人才。