針對(duì)這種情況，東南亞各國(guó)已經(jīng)開(kāi)始加強(qiáng)合作,。今年６月１９日，菲律賓,、印尼,、馬來(lái)西亞三國(guó)在印尼打拉根市的一艘海軍艦艇上正式啟動(dòng)“三邊海上巡邏”，聯(lián)合打擊蘇祿海域的恐怖主義和跨國(guó)犯罪,，新加坡和文萊也受邀以觀察員身份參加儀式,。

６月２２日，菲印馬三國(guó)外長(zhǎng)和高官再度召開(kāi)會(huì)議研究聯(lián)合反恐戰(zhàn)略以共同應(yīng)對(duì)地區(qū)反恐形勢(shì),，并在會(huì)后發(fā)表聯(lián)合聲明強(qiáng)調(diào),，只有通過(guò)共同的反恐戰(zhàn)略并在安全和情報(bào)方面加強(qiáng)合作，才能解決該地區(qū)存在的跨國(guó)恐怖主義行為,。

馬拉維的勝利意味著菲律賓的反恐戰(zhàn)爭(zhēng)告一段落,，但這并不代表菲律賓等東南亞國(guó)家可以高枕無(wú)憂，因?yàn)樽躺鷺O端主義的土壤仍然存在,。

菲南部的貧窮和高失業(yè)率可能使少數(shù)人走上犯罪乃至極端道路,，來(lái)自海外金主的支援又給當(dāng)?shù)貥O端組織提供了招兵買馬的資本，這讓極端主義有了生存空間,。同時(shí),，缺乏強(qiáng)有力的邊境管控則為跨國(guó)犯罪分子在這些地區(qū)作惡提供了可能。

要防止東南亞地區(qū)淪為恐怖主義肆虐之地,，一方面需要各國(guó)鐵腕反恐,，根除來(lái)自中東地區(qū)恐怖組織的外部影響,，消滅始作俑者；另一方面,，還需在本地區(qū)內(nèi)部鏟除恐怖主義滋生的土壤,，包括消除本地區(qū)的宗教與種族沖突，逐漸減少經(jīng)濟(jì)差距與政治隔閡等,，多管齊下,，標(biāo)本兼治。