然而,,巴拿馬民眾對美國的不滿情緒也在增長。美國驅(qū)逐了6.2萬巴拿馬人,,并推行種族隔離制度,。直到20世紀(jì)50年代,在運(yùn)河區(qū)工作的有色人種仍只能使用不同的教育,、衛(wèi)生和娛樂設(shè)施,。1959年,巴拿馬城爆發(fā)反美騷亂,,起因是美方拒絕在運(yùn)河區(qū)懸掛巴拿馬國旗,。1964年1月9日,一場更大規(guī)模的抗議活動(dòng)爆發(fā),,示威人群沖進(jìn)運(yùn)河區(qū)插上國旗并拆除圍欄,,卻遭美軍警射殺,22人喪生,。這一天后來被定為“烈士紀(jì)念日”,。
經(jīng)過曲折艱苦的抗?fàn)帲?977年9月7日,美國與巴拿馬簽署新條約,,開啟了巴方收回運(yùn)河主權(quán)的進(jìn)程,。1999年12月31日,巴政府最終接管運(yùn)河,。
除了控制運(yùn)河,,美國還對巴拿馬內(nèi)政、經(jīng)濟(jì)和軍事進(jìn)行全方位滲透操控,。1981年,,巴拿馬領(lǐng)導(dǎo)人托里霍斯因飛機(jī)失事喪生,美中情局被指涉嫌策劃暗殺,。托里霍斯死后,,美國扶植諾列加掌權(quán),但在短暫蜜月期后決定顛覆其統(tǒng)治,。1989年12月20日,,美軍發(fā)起所謂“正義事業(yè)行動(dòng)”,攻占巴拿馬城,,扶植親美派上臺。諾列加投降并被押送美國。這場侵略戰(zhàn)爭激起全球公憤,,巴方傷亡或超5000人,,大部分是平民。戰(zhàn)火摧殘使巴拿馬約2萬人失去家園,,國民經(jīng)濟(jì)遭受重創(chuàng),,至今仍受高失業(yè)率和高貧困率困擾。
由于歷史記憶太過慘痛和深刻,,巴方明確表示將拒絕任何在該國領(lǐng)土重建美軍基地的可能性,。