1946年,，吳文藻赴日本擔任中國駐日代表團政治組組長并兼任出席盟國對日委員會中國代表顧問,。中華人民共和國成立后,，吳文藻滿懷愛國熱忱,，1951年歷經(jīng)艱難返回祖國。1953年任中央民族學院研究部“國內(nèi)少數(shù)民族情況”教研室主任和歷史系“民族志”教研室主任,。1958年4月吳文藻被錯劃為右派;1959年12月被摘掉右派分子帽子,。此后的吳文藻基本從事內(nèi)部文字工作，與費孝通等人共同校訂了少數(shù)民族史志的三套叢書,，為《辭?！返谝话婷褡孱愖珜懺~目等，還多次為外交部交辦的邊界問題提供資料和意見,。1971年吳文藻和冰心以及費孝通,、鄺平章等8人，從下放勞動的沙洋干校調(diào)回北京的中央民族學院,，共同翻譯校訂了尼克松的《六次危機》的下半部分以及海斯,、穆恩、韋蘭合著的《世界史》,，以后又合譯了英國大文豪韋爾斯著的《世界史綱》,。

改革開放以后，吳文藻竭力推動社會學學科重建工作,。1979年3月在重建社會學座談會上,，他以十分激動的心情發(fā)表了“社會學與現(xiàn)代化”的發(fā)言，熱情洋溢地擔任起中國社會學會,、民族學會的顧問,。海外朋友寄來了西方最新出版的17本社會學代表性著作，他據(jù)此與學生王慶仁聯(lián)名發(fā)表《英國功能學派人類學今昔》,，又單獨撰寫發(fā)表《戰(zhàn)后西方民族學的變遷》《新進化論試析》等論文,，積極推介國際最新學術(shù)成果和動向。他不顧年高體弱,，連續(xù)招收了二屆民族學研究生,，一如既往地嚴格要求、親自上課指導,，經(jīng)常將學生招呼到家里討論,，要求學生從外文原著學起。他帶病修改指導學生畢業(yè)論文，堅持做完4名研究生的畢業(yè)答辯,，才于1985年7月3日住進北京醫(yī)院,，以后長期處于昏迷狀態(tài)。1985年9月24日早上6時20分,，吳文藻靜靜地去世了!他留下的遺囑是：不向遺體告別，不開追悼會,，火葬后骨灰投海,，存款3萬元捐獻給中央民族學院民族研究所，作為民族學研究生的助學金,。

“首先我想說的是吳文藻老師的為人,，他在為中國社會學引進的新風氣上，身教勝于言傳,。他所孜孜以求的不是使他自己成為一個名重一時的學人在文壇上獨占鰲頭,。不，這不是吳老師的為人,。他著眼的是學科本身,，他看到了他所從事的社會學這門學科的處境、地位和應起的作用,。他在65年前提出來的‘社會學中國化’是當時改革社會學這門學科的主張,。……從這個角度去體會吳老師不急之于個人成名成家,，而開帳講學,，挑選學生，分送出國深造,，繼之建立學術(shù)研究基地,、出版學術(shù)刊物，這一切都是深思遠謀的切實功夫,，其用心是深奧的,。”費孝通以“開風氣,，育人才”來評價他敬重的吳文藻老師,，既是發(fā)自肺腑的感情表達，也在為我們這些后學,，樹立起做人做學問的標桿,。