1946年,，吳文藻赴日本擔(dān)任中國(guó)駐日代表團(tuán)政治組組長(zhǎng)并兼任出席盟國(guó)對(duì)日委員會(huì)中國(guó)代表顧問(wèn)。中華人民共和國(guó)成立后,，吳文藻滿懷愛(ài)國(guó)熱忱,，1951年歷經(jīng)艱難返回祖國(guó)。1953年任中央民族學(xué)院研究部“國(guó)內(nèi)少數(shù)民族情況”教研室主任和歷史系“民族志”教研室主任,。1958年4月吳文藻被錯(cuò)劃為右派;1959年12月被摘掉右派分子帽子,。此后的吳文藻基本從事內(nèi)部文字工作，與費(fèi)孝通等人共同校訂了少數(shù)民族史志的三套叢書(shū),，為《辭?！返谝话婷褡孱愖珜?xiě)詞目等，還多次為外交部交辦的邊界問(wèn)題提供資料和意見(jiàn),。1971年吳文藻和冰心以及費(fèi)孝通,、鄺平章等8人，從下放勞動(dòng)的沙洋干校調(diào)回北京的中央民族學(xué)院,，共同翻譯校訂了尼克松的《六次危機(jī)》的下半部分以及海斯,、穆恩、韋蘭合著的《世界史》,，以后又合譯了英國(guó)大文豪韋爾斯著的《世界史綱》,。

改革開(kāi)放以后，吳文藻竭力推動(dòng)社會(huì)學(xué)學(xué)科重建工作,。1979年3月在重建社會(huì)學(xué)座談會(huì)上,，他以十分激動(dòng)的心情發(fā)表了“社會(huì)學(xué)與現(xiàn)代化”的發(fā)言，熱情洋溢地?fù)?dān)任起中國(guó)社會(huì)學(xué)會(huì),、民族學(xué)會(huì)的顧問(wèn),。海外朋友寄來(lái)了西方最新出版的17本社會(huì)學(xué)代表性著作，他據(jù)此與學(xué)生王慶仁聯(lián)名發(fā)表《英國(guó)功能學(xué)派人類學(xué)今昔》,，又單獨(dú)撰寫(xiě)發(fā)表《戰(zhàn)后西方民族學(xué)的變遷》《新進(jìn)化論試析》等論文,，積極推介國(guó)際最新學(xué)術(shù)成果和動(dòng)向。他不顧年高體弱,，連續(xù)招收了二屆民族學(xué)研究生,，一如既往地嚴(yán)格要求、親自上課指導(dǎo),，經(jīng)常將學(xué)生招呼到家里討論,，要求學(xué)生從外文原著學(xué)起,。他帶病修改指導(dǎo)學(xué)生畢業(yè)論文，堅(jiān)持做完4名研究生的畢業(yè)答辯,，才于1985年7月3日住進(jìn)北京醫(yī)院,，以后長(zhǎng)期處于昏迷狀態(tài)。1985年9月24日早上6時(shí)20分,，吳文藻靜靜地去世了!他留下的遺囑是：不向遺體告別,，不開(kāi)追悼會(huì)，火葬后骨灰投海,，存款3萬(wàn)元捐獻(xiàn)給中央民族學(xué)院民族研究所,，作為民族學(xué)研究生的助學(xué)金。

“首先我想說(shuō)的是吳文藻老師的為人,，他在為中國(guó)社會(huì)學(xué)引進(jìn)的新風(fēng)氣上,，身教勝于言傳。他所孜孜以求的不是使他自己成為一個(gè)名重一時(shí)的學(xué)人在文壇上獨(dú)占鰲頭,。不,，這不是吳老師的為人。他著眼的是學(xué)科本身,，他看到了他所從事的社會(huì)學(xué)這門學(xué)科的處境,、地位和應(yīng)起的作用。他在65年前提出來(lái)的‘社會(huì)學(xué)中國(guó)化’是當(dāng)時(shí)改革社會(huì)學(xué)這門學(xué)科的主張,?！瓘倪@個(gè)角度去體會(huì)吳老師不急之于個(gè)人成名成家，而開(kāi)帳講學(xué),，挑選學(xué)生，分送出國(guó)深造,，繼之建立學(xué)術(shù)研究基地,、出版學(xué)術(shù)刊物，這一切都是深思遠(yuǎn)謀的切實(shí)功夫,，其用心是深?yuàn)W的,。”費(fèi)孝通以“開(kāi)風(fēng)氣,，育人才”來(lái)評(píng)價(jià)他敬重的吳文藻老師,，既是發(fā)自肺腑的感情表達(dá)，也在為我們這些后學(xué),，樹(shù)立起做人做學(xué)問(wèn)的標(biāo)桿,。