（五）明確規(guī)定案件管轄,、法律適用和程序。（1）除特定情形外,，香港特別行政區(qū)對本法規(guī)定的犯罪案件行使管轄權(quán),。（2）香港特別行政區(qū)管轄危害國家安全犯罪案件的立案偵查、檢控,、審判和刑罰的執(zhí)行等訴訟程序事宜,，適用本法和香港特別行政區(qū)本地法律。香港特別行政區(qū)管轄的危害國家安全犯罪案件的審判循公訴程序進(jìn)行,。（3）香港特別行政區(qū)政府警務(wù)處維護(hù)國家安全部門辦理危害國家安全犯罪案件時,，可以采取香港特別行政區(qū)現(xiàn)行法律準(zhǔn)予警方等執(zhí)法部門在調(diào)查嚴(yán)重犯罪案件時采取的各種措施，以及本法規(guī)定的有關(guān)職權(quán)和措施,。（4）香港特別行政區(qū)行政長官應(yīng)當(dāng)從現(xiàn)任或者符合資格的前任裁判官,、區(qū)域法院法官、高等法院原訟法庭法官,、上訴法庭法官以及終審法院法官中指定若干名法官,，也可以從暫委或者特委法官中指定法官，負(fù)責(zé)處理危害國家安全犯罪案件,。

（六）明確規(guī)定中央人民政府駐香港特別行政區(qū)維護(hù)國家安全機(jī)構(gòu),。（1）中央人民政府在香港特別行政區(qū)設(shè)立維護(hù)國家安全公署。中央人民政府駐香港特別行政區(qū)維護(hù)國家安全公署依法履行維護(hù)國家安全職責(zé),，行使相關(guān)權(quán)力,。（2）駐港國家安全公署的職責(zé)為：分析研判香港特別行政區(qū)維護(hù)國家安全形勢，就維護(hù)國家安全重大戰(zhàn)略和重要政策提出意見和建議,；監(jiān)督,、指導(dǎo)、協(xié)調(diào),、支持香港特別行政區(qū)履行維護(hù)國家安全的職責(zé),；收集分析國家安全情報信息；依法辦理危害國家安全犯罪案件,。（3）駐港國家安全公署應(yīng)當(dāng)嚴(yán)格依法履行職責(zé),，依法接受監(jiān)督，不得侵害任何個人和組織的合法權(quán)益,。駐港國家安全公署人員除須遵守全國性法律外,，還應(yīng)當(dāng)遵守香港特別行政區(qū)法律,。（4）駐港國家安全公署應(yīng)當(dāng)與香港特別行政區(qū)維護(hù)國家安全委員會建立協(xié)調(diào)機(jī)制,，監(jiān)督,、指導(dǎo)香港特別行政區(qū)維護(hù)國家安全工作。駐港國家安全公署的工作部門與香港特別行政區(qū)維護(hù)國家安全的執(zhí)法,、司法機(jī)關(guān)建立協(xié)作機(jī)制，加強(qiáng)信息共享和行動配合,。

草案還對駐港國家安全公署和國家有關(guān)機(jī)關(guān)在特定情形下的案件管轄和程序作出了明確規(guī)定,。需要說明的是，駐港國家安全公署和國家有關(guān)機(jī)關(guān)在特定情形下對極少數(shù)危害國家安全犯罪案件行使管轄權(quán),，是中央全面管治權(quán)的重要體現(xiàn),，有利于支持和加強(qiáng)香港特別行政區(qū)維護(hù)國家安全執(zhí)法工作和司法工作，有利于避免可能出現(xiàn)或者導(dǎo)致出現(xiàn)香港特別行政區(qū)基本法第十八條第四款規(guī)定的緊急狀態(tài)情形,。

草案在附則中規(guī)定：香港特別行政區(qū)本地法律與本法不一致的,，適用本法規(guī)定；本法的解釋權(quán)屬于全國人民代表大會常務(wù)委員會,。