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我國科學家構(gòu)建小麥基因定位與基因組研究平臺

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2020-12-21 21:10:18  新京報

》。

我國科學家構(gòu)建小麥基因定位與基因組研究平臺

WheatGmap頁面,。網(wǎng)絡截圖

據(jù)團隊科學家孔秀英研究員介紹,，集群分離分析作為一種在分離群體中鑒定目標基因的方法，由于具有高效,、低成本的優(yōu)點被廣泛應用,。然而，對于缺乏生物信息學背景的研究者來說,，如何才能深度分析高通量測序獲得的數(shù)據(jù),、正確選擇最優(yōu)算法、有效利用已公布的海量數(shù)據(jù),？這成為限制當前應用集群分離分析方法進行小麥基因快速定位和候選基因篩選的問題,。因此，研發(fā)一個界面友好,、易操作的專業(yè)性數(shù)據(jù)處理平臺,，對推動小麥研究有重要的應用意義。

據(jù)介紹,，該平臺目前整合并分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測序數(shù)據(jù),，包括全基因組測序(WGS)、外顯子組測序(WES)和轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-seq)數(shù)據(jù),。為了方便用戶利用這些資源,，網(wǎng)站整合了四種集群分離分析模型,，還集成了序列比對、基因注釋,、表達分析,、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具?？梢詭椭蒲泄ぷ髡呃眉悍蛛x分析方法進行小麥基因定位,、克隆與功能研究，也可以共享測序數(shù)據(jù)及表型數(shù)據(jù),。

同時,，隨著泛基因組時代的來臨，團隊后續(xù)還會對平臺進行數(shù)據(jù)更新與升級,，使其功能變得更強大,。

WheatGmap頁面研究得到國家重點研發(fā)計劃、中國農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程和國家自然科學基金等支持,。

新京報記者周懷宗

(責任編輯：孫啟浩 CN037)
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