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我國(guó)科學(xué)家構(gòu)建小麥基因定位與基因組研究平臺(tái)

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2020-12-21 21:10:18  新京報(bào)

》。

我國(guó)科學(xué)家構(gòu)建小麥基因定位與基因組研究平臺(tái)

WheatGmap頁面,。網(wǎng)絡(luò)截圖

據(jù)團(tuán)隊(duì)科學(xué)家孔秀英研究員介紹,，集群分離分析作為一種在分離群體中鑒定目標(biāo)基因的方法，由于具有高效,、低成本的優(yōu)點(diǎn)被廣泛應(yīng)用,。然而，對(duì)于缺乏生物信息學(xué)背景的研究者來說,，如何才能深度分析高通量測(cè)序獲得的數(shù)據(jù),、正確選擇最優(yōu)算法、有效利用已公布的海量數(shù)據(jù),？這成為限制當(dāng)前應(yīng)用集群分離分析方法進(jìn)行小麥基因快速定位和候選基因篩選的問題,。因此，研發(fā)一個(gè)界面友好,、易操作的專業(yè)性數(shù)據(jù)處理平臺(tái),，對(duì)推動(dòng)小麥研究有重要的應(yīng)用意義。

據(jù)介紹,，該平臺(tái)目前整合并分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測(cè)序數(shù)據(jù),，包括全基因組測(cè)序(WGS)、外顯子組測(cè)序(WES)和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq)數(shù)據(jù),。為了方便用戶利用這些資源,，網(wǎng)站整合了四種集群分離分析模型，還集成了序列比對(duì),、基因注釋,、表達(dá)分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具?？梢詭椭蒲泄ぷ髡呃眉悍蛛x分析方法進(jìn)行小麥基因定位,、克隆與功能研究，也可以共享測(cè)序數(shù)據(jù)及表型數(shù)據(jù),。

同時(shí),，隨著泛基因組時(shí)代的來臨，團(tuán)隊(duì)后續(xù)還會(huì)對(duì)平臺(tái)進(jìn)行數(shù)據(jù)更新與升級(jí),，使其功能變得更強(qiáng)大,。

WheatGmap頁面研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、中國(guó)農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程和國(guó)家自然科學(xué)基金等支持,。

新京報(bào)記者周懷宗

(責(zé)任編輯：孫啟浩 CN037)
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