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我是誰我從哪來?古DNA將揭開人演化的面紗(4)

我是誰我從哪來?古DNA將揭開人演化的面紗(4)
2018-05-03 10:15:20 新浪科技

另外還有一點(diǎn),,大家也意識(shí)到,,其實(shí)我們?cè)讷@得樣品過程中,,盡量減少對(duì)他體質(zhì)的影響,,可以看到我們?cè)谶@里,,只是對(duì)他骨骼中非常小的部分取一個(gè)骨粉,,所以影響并不大,,對(duì)他們的其他研究并沒有受到我們的影響。

此外我想給大家說一下,,古DNA可以這么講,,雖然在上世紀(jì)八十年代就已經(jīng)興起,但是在最近十年,,可以說是古DNA迅速發(fā)展而且非常繁榮的階段,,它的繁榮其實(shí)跟它的技術(shù)還有大數(shù)據(jù)挖掘有很大的關(guān)系,。比如古DNA跟下一代測(cè)序儀(二代測(cè)序)結(jié)合,出現(xiàn)了第一個(gè)古人類尼安德特人的基因組草圖,,同時(shí)也出現(xiàn)了未知的古人類,,丹尼索沃人。另外高效的單鏈文庫建設(shè),,使得我們獲得了高質(zhì)量的古DNA組,。這個(gè)高質(zhì)量什么概念?就是跟我們通過現(xiàn)代的某一個(gè)個(gè)體獲得的基因組質(zhì)量,,是可以相媲美的,,而且后期很多人用這個(gè)做了相關(guān)研究。另外一個(gè)很重要的,,就是我們開發(fā)了有效捕獲大量的核DNA(的技術(shù)),,使得之前微生物含量很高的樣品,都成為我們研究的可能(對(duì)象),。

另外就是有效地獲得短片段,,這個(gè)字眼可能并不起眼,但是我可以通過一個(gè)實(shí)例讓你知道它的重要性,。比如說在2014年前的研究,,都認(rèn)為古DNA是跟生物化學(xué)中DNA降解有很大關(guān)系的,所以在常規(guī)環(huán)境下,,它的極限時(shí)間是十萬年,,也就是說十萬年以內(nèi)的DNA是可能獲得的,十萬年以上的DNA是很難獲得的,。但是通過這樣有效富集古DNA(的技術(shù)),,使得這里看到的非冰凍層里的DNA提取,由原來的十萬年,,提升到了四十萬年,而且這個(gè)四十萬年就是一個(gè)古人類的遺址,,讓我們獲得了很多信息,。所以我們可以看到DNA技術(shù)的開發(fā)對(duì)于古DNA的影響,同時(shí)由于技術(shù)帶來大量的數(shù)據(jù),,使得我們這個(gè)領(lǐng)域跟生物信息還有數(shù)據(jù)挖掘,,也有很大的關(guān)聯(lián)。

高效捕捉DNA

高效捕捉DNA

在這里我想取其中的一個(gè)技術(shù),,也就是有效富集大量核DNA,,它對(duì)于這個(gè)領(lǐng)域是怎么推動(dòng)的,而且它本身捕獲的方式是什么樣的情況,。首先我們會(huì)涉及非常多的跟基因組有關(guān)的探針和位點(diǎn),,在這個(gè)基礎(chǔ)上,,我們?cè)侔严嚓P(guān)骨樣中的DNA跟探針進(jìn)行富集,這個(gè)原理和常規(guī)的一樣,,但是我們有很關(guān)鍵的針對(duì)探針的擴(kuò)增(技術(shù)),,使得我們能夠有效地獲得古DNA。雜交以后,,把它固定在對(duì)應(yīng)的磁珠上,,最后洗滌掉溶液中的古DNA,就達(dá)到了富集作用,。

我想通過實(shí)例讓大家知道這個(gè)效果,,這里看到的實(shí)例是距今四萬年前的一個(gè)個(gè)體,,他的DNA,比如21號(hào)染色體,,在這個(gè)個(gè)體中只占到了0.0003%(在富集以前),,但是在富集之后,他的DNA能達(dá)到47%,,而且富集過程中,,我們把它的復(fù)雜性也保留下來了。由于這項(xiàng)技術(shù)的開發(fā),,也使得我們研究的古DNA對(duì)象大大擴(kuò)大,。比如近三年的這些研究中的很多研究對(duì)象,是來自大洋洲這種炎熱的地方,,甚至是非洲,,甚至是四十萬年前的個(gè)體,都使得原來不可能獲得的相關(guān)數(shù)據(jù)成為可能,。在這種情況下,,其實(shí)我想讓大家知道,雖然這個(gè)領(lǐng)域在近十年發(fā)展得非常迅猛,,但是在這個(gè)過程中,,也是跟我們相關(guān)人員的努力(分不開的),相關(guān)人員對(duì)很多不同的挑戰(zhàn),,以及在這個(gè)過程中保持的科學(xué)好奇心,,才使得我們剛剛看到的繁榮成為可能。

人類演化歷史

人類演化

人類演化

接下來我要給大家稍微介紹一下人類演化,,在這里只是簡(jiǎn)單地給一些背景,。比如說我們都知道,人類的祖先最早出現(xiàn)在非洲,,目前爭(zhēng)議最大的是現(xiàn)代人的起源,,但是對(duì)于人類本身的起源是沒有任何爭(zhēng)議的,。而我們的研究框架是在人類整個(gè)大的框架下進(jìn)行的延續(xù)。雖然人類在180萬年前走出非洲,,但是之后有很多不同的類型在我們現(xiàn)在的歐亞大陸上都有發(fā)現(xiàn),。比如這里看到的尼安德特人,還有亞洲這邊的丹尼索沃人,,還有大家都知道的北京人,、大荔人、馬壩人等等,。

但這里指的兩個(gè)人,,是我們目前有核基因組的相關(guān)的個(gè)體。我們有相關(guān)個(gè)體之前,,很多人認(rèn)為相關(guān)現(xiàn)代人走出非洲的時(shí)候,,很有可能是完全取代當(dāng)時(shí)的古人類,而沒有任何基因交流的,。但是一直到2010年的時(shí)候,,也就是尼安德特人第一個(gè)基因組草圖出來的時(shí)候,才知道這種絕對(duì)取代并非真實(shí)的,。因?yàn)槟岚驳绿厝?,?duì)于我們現(xiàn)在的現(xiàn)代人,只要不是非洲人,,都會(huì)有1%到2%甚至4%的尼安德特人的基因組,,這是在2010年通過尼安德特基因組草圖才知道的。

另外一個(gè)人就是丹尼索沃人,,丹尼索沃人并沒有像尼安德特人對(duì)所有的人群都有影響,,他主要是對(duì)于大洋洲(有影響),之后我們還會(huì)針對(duì)這兩個(gè)人群,,給大家做更多的介紹,。但在這里,我主要想讓大家知道,,在過去的幾萬年里面,,其實(shí)發(fā)生了非常多的故事。在早期現(xiàn)代人跟這些滅絕的古人類或相關(guān)古人類共存的階段里面,,到底這些早期現(xiàn)代人是怎么演化成現(xiàn)在的亞洲人還有歐洲人的呢,?還有他們?cè)诠泊娴倪^程中發(fā)生過什么?接下來主要針對(duì)這兩個(gè)主線向大家介紹,。

首先是關(guān)于它的不同人群,,就是現(xiàn)代人群形成的特點(diǎn)。在2016年以前,,早于7000年的基因組個(gè)體是非常少的,,只有零星幾個(gè),,但是在2016年,由于剛提到的富集的方法,,使得我們從幾個(gè)個(gè)體,,擴(kuò)展到了51個(gè)個(gè)體。這51個(gè)個(gè)體針對(duì)的是基因組,,基因組的染色體是父母相互互補(bǔ),然后對(duì)后代影響,。這一個(gè)個(gè)體代表了跟這個(gè)個(gè)體相關(guān)的所有的群體,。所以這51個(gè)個(gè)體,對(duì)于我們研究冰河時(shí)期(的古人類很有幫助),。大家可能對(duì)冰河時(shí)期的概念不是很清楚,,但是末次冰期大家可能聽過,也就是說這51個(gè)個(gè)體大概是從4萬5千年前到距今7千多年,,它經(jīng)歷了末次冰期還有末次冰期結(jié)束,。在這個(gè)過程中,,我們就非常好奇這些人在這種環(huán)境下,,會(huì)有什么影響,?

末次盛冰期

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