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我是誰我從哪來?古DNA將揭開人演化的面紗(6)

我是誰我從哪來?古DNA將揭開人演化的面紗(6)
2018-05-03 10:15:20 新浪科技

而且更有意思的是,,在一萬四千年前后的歐洲人,他眼睛的顏色是完全不一樣的,。一萬四千年之前的歐洲人,,他并沒有藍(lán)色的眼睛,只有一萬四千年之后才出現(xiàn)了藍(lán)色的眼睛,。而且在很大情況下,,歐洲人的白色皮膚比藍(lán)色眼睛出現(xiàn)的時間還要晚,所以我們現(xiàn)在所謂的典型的歐洲人——金發(fā)碧眼,,就是藍(lán)色眼睛和白色皮膚,并沒有說在一萬多年前就有,,其實是之后才出現(xiàn)的。

大家肯定覺得您說了這么多關(guān)于歐洲人(的信息),,到底東亞是個什么情況,?去年十月份,,我們獲得了第一個東亞人的古基因組,而且這個古基因組經(jīng)歷了一定的歷史,。這個古基因組是距今四萬年前的田園洞人,是在北京發(fā)現(xiàn)的。這個四萬年前的田園洞人,,其實在2013年的時候我們做了一點點線粒體、還有21號染色體的工作,,但是當(dāng)時只是一個數(shù)據(jù),,而且局限于當(dāng)時可以考慮的數(shù)據(jù),,他其實存在一個很重要的需要解決的問題——就是后來發(fā)現(xiàn)現(xiàn)在所有的歐洲人,在近農(nóng)耕時期(也就是在農(nóng)業(yè)來到歐洲以后),相關(guān)外來的農(nóng)耕人群,,對于歐洲人群是有一個非常大的換血,換血到什么程度?

有40%多的歐洲人成分,,現(xiàn)在的人跟當(dāng)時的狩獵采集的人群是完全不一樣的,而這個40%是來源于近東里面的古老的歐亞人,,而這個古老歐亞人的成分會比歐亞分離之前還要早。所以在這種情況下,,我們?nèi)绻褂矛F(xiàn)在的歐洲人群研究的話,,會使得里面很大的古老的歐亞人群的成分,,使得我們把東亞人和田園洞人看起來更近,。所以這種情況下,,我們需要拿田園洞的基因組信息跟沒有受到農(nóng)耕人群影響的這些歐洲早期的人群進(jìn)行比對,從而知道我們的田園洞人,,到底是東亞人,,還是說他還沒有成為東亞人,因為田園洞人是四萬年前,,剛剛也提到了四萬年前其實存在非東亞人和非歐洲人的群體,。所以在這種情況下,田園洞人雖然生活在北京,,但并不意味著他在那個時候已經(jīng)是東亞人了,。

所以去年我們通過不同的方法獲得了類似的信息,圖中越紅的顏色,,就代表田園洞跟這個地點上的人群越相似,。這里可以看到整個東亞的紅色還有美洲的紅色是最顯著的,而且它不僅是跟現(xiàn)代歐洲人比較,,跟當(dāng)時古老的歐洲人群比較也是如此,。所以在這種情況下,我們首先明確,,田園洞人已經(jīng)是東亞人,,但是當(dāng)我們把他跟全世界不同人群進(jìn)行比較的時候,,比如在歐洲內(nèi)部跟田園洞人進(jìn)行比較的過程中,,發(fā)現(xiàn)比利時的一個人相對別的地區(qū)的歐洲人,,他會跟田園洞人更近,。這種情況下告訴我們什么?告訴我們至少在當(dāng)時的歐洲和亞洲,,并不是一個絕對分開的狀態(tài),,不是簡單的分開,他們是有聯(lián)系的,,但這種聯(lián)系是基因交流的結(jié)果還是古老成分的影響,,我們目前還需要做更多的研究。

另外一個有意思的現(xiàn)象,,我們想了解是不是所有東亞人跟田園洞人是一樣的距離,,有沒有可能某一個人群相對別的東亞人群,跟田園洞人要更近一些,?或者美洲土著人中某些人跟田園洞人更近呢,?我們發(fā)現(xiàn)其中美洲土著人中的亞馬遜人群,相對于別的美洲人群來講,,他會跟田園洞人更近,。其實在之前的研究中,有人發(fā)現(xiàn)大洋洲某一些人群,,也是跟亞馬遜人群相對別的美洲土著人要近,,這種情況下田園洞人告訴我們更多的資訊是什么呢?就是說在四萬年前,,這種特殊的人群就已經(jīng)存在了,,而且它同時反映了當(dāng)時東亞人的復(fù)雜性。因為這里看到,,這種影響在我們現(xiàn)在東亞人中,,并沒有看到,也就是說現(xiàn)代的東亞人并沒有對美洲土著人的亞馬遜人群有更大的影響,。所以反過來也告訴我們當(dāng)時東亞的遺傳結(jié)構(gòu)是非常復(fù)雜的,。

所以總體來講,我們了解到了至少在幾萬年前,,大概在四萬年前后,,有不同支系的人群存在于非洲,但是這個非洲人既不是東亞人,,也不是歐洲人,,同時存在了像以田園洞人為代表的東亞人,還存在了三萬七千年的以歐洲人為代表的個體,,另外還存在一個未知的支系,。所以在整體情況下,讓我們知道當(dāng)時整個歐亞大陸人群是非常復(fù)雜的,,而且這個過程中不同人群的反轉(zhuǎn)還有他的聯(lián)系,,也讓我們知道當(dāng)時的人群是非常復(fù)雜的。所以我們之后還會做更多的研究,,來了解當(dāng)時的人群,,甚至之后的人群對我們現(xiàn)在人群的影響。

那么第二個問題,,在這種共存的時間里,,我們有沒有可能找到像我們這里看到的這一幕,,有沒有可能看到直接的對話?這里看到的是尼安德特人的模型,,這邊是一個小女孩,,有可能,但是我先不說可能性,。我們先了解下到底滅絕的古人類有什么特點,?每一種古人類我們舉一個例子,比如丹尼索沃人和阿爾泰尼安德特人都是在丹尼索沃洞穴發(fā)現(xiàn)的,。其中丹尼索沃人,,我們最后獲得了30X的基因組,30X的基因組的質(zhì)量其實是可以跟使用現(xiàn)在人的DNA獲得的基因組相媲美的,,而這些DNA是從哪里獲得的呢,?就是從這里小手指上的一丁點中的10毫克獲得的。

那么我們得到什么資訊呢,?非常簡單地告訴大家,,首先丹尼索沃人相對于現(xiàn)代人來講,跟尼安德特人更近,,他們分離的時間大概在四十三萬年前,。而尼安德特和丹尼索沃人整體跟現(xiàn)代人分離時間大概在60萬年到80萬年之間。而丹尼索沃人,,剛剛也提到了他對于大洋洲人群有影響,,但事實上除了大洋洲以外,他還對東亞人有一定的影響,。也就是說在東亞人中,,也有少量的丹尼索沃人,而且最近Cell上發(fā)了一篇文章,,關(guān)于了解丹尼索沃人在整個亞洲,,他發(fā)生事件的可能有幾次,研究發(fā)現(xiàn)可能存在兩種,。一種是針對大洋洲的,,一種是針對東亞的,而且針對東亞這個丹尼索沃人的支系,,會比針對大洋洲的丹尼索沃人的支系更古老,。

在這種情況下,尼安德特人是什么樣子的呢,?我們可以看到,,他對除了非洲以外的所有別的區(qū)域的人群,,都有影響,。而且也因為這個,,很多人猜測他發(fā)生的地點很有可能是在中東這個區(qū)域,也就是說在歐亞人群沒有分化之前,,才能使得相關(guān)人群能擴展到這么大的區(qū)域,。

這個在阿爾泰發(fā)現(xiàn)的尼安德特人,我們只是選了這么點骨粉,,獲得的基因組中發(fā)現(xiàn)它有非常強的純合性,。比如說這個染色體,有將近一半是純合的,,也就是說他父親和母親提供的遺傳信息是一模一樣的,。這意味著什么?如果我們通過數(shù)據(jù)模擬,,可以分析出來他是近親產(chǎn)生的后代,他很有可能是堂兄妹這種關(guān)系產(chǎn)生的,還有可能是祖孫之間產(chǎn)生的,,另外一種可能是兄妹產(chǎn)生的,,還有可能是叔侄產(chǎn)生的,所以他的近親繁殖非常厲害,。但這只是這個個體本身,,并不意味著尼安德特人所有人群都是這樣。

總結(jié)一下剛剛我們聽到的信息,,尼安德特人的混合主要是針對整個歐亞大陸的人群,,有1%到2%,但是我在這里要提到,,其實尼安德特人里,,東亞人的尼安德特人成分會比歐洲人高一些,而且在東亞人中,,比如說II型糖尿病,,其實高發(fā)性相對比較高,也跟尼安德特人有一定的關(guān)系,。此外就是丹尼索沃人,,他主要影響的是這個區(qū)域,但是這個區(qū)域你可以看到他整個遺傳本身的特點是非常相似的,,但它是以這里為界,,這之上的人群是沒有丹尼索沃成分的,這之下的人群是有丹尼索沃成分的,。所以雖然這里所有的人群他們的遺傳本身是相似的,,但是他們丹尼索沃的混合是不一樣的。而且還有一個很有意思的現(xiàn)象,,東亞人中的0.1%到0.2%,,其中尤其是針對于西藏人的影響,。主要體現(xiàn)在哪里呢?體現(xiàn)在EPAS1這個基因,,最近發(fā)現(xiàn)在與西藏人的高原適應(yīng)性相關(guān)的EPAS1基因中,,將近80%的西藏人都有跟丹尼索沃人相似的特點,這種適應(yīng)性跟丹尼索沃的成分有很大的聯(lián)系,。

古人類對于當(dāng)時早期現(xiàn)代人的影響

剛剛說到的都是古人類對于現(xiàn)在人群的影響,,那么古人類對于當(dāng)時早期現(xiàn)代人的影響是什么樣子?我們了解一下從四萬五千年到最近這段時間,,你可以看一下不同的時間里尼安德特人成分的變化,,它是不斷下降的。而且最重要的是,,在三萬七千年到一萬四千年前的這個階段,,他并沒有受到外來人群的影響,所以這個階段,,他并不能用外來人群對它的稀釋來解釋,,所以很有可能跟它的選擇性有很大的關(guān)系。

而且我們還可以利用尼安德特人跟早期現(xiàn)代人的基因交流,,來計算當(dāng)時發(fā)生事件的時間,。為什么可以計算這個時間?主要原因就在于,,比如說第一代的時候,,其實有一半的染色體是來源于尼安德特人,一半是來源于現(xiàn)代人,。那么在產(chǎn)生第二代的過程中,,最早那一代的尼安德特人的成分是在不斷被打斷的。所以我們可以利用這種不斷被打斷的信息,,返算當(dāng)時發(fā)生的時間,。

測定與尼安德特人發(fā)生基因交流的時間

測定與尼安德特人發(fā)生基因交流的時間

那么也是利用這個特點,我們通過四萬五千年前的個體,,可以看到這個個體中,,他就有相對于別的現(xiàn)代個體中的要長很多的區(qū)域,然后通過數(shù)據(jù)模擬還有計算方法等等,,我們計算出大概尼安德特人跟現(xiàn)代人發(fā)生基因交流的時間,,是距今五到六萬年前。而且另外一個研究也是通過另外一個個體,,也算出同樣的時間,,大概五到六萬年前。而且基于這個研究,在2014年的時候,,被《自然》評為十大科學(xué)事件之一,。

早期現(xiàn)代人中尼安德特人的基因含量在不斷下降

早期現(xiàn)代人中尼安德特人的基因含量在不斷下降

大家可能還注意到了,在尼安德特人的基因降低的過程中,,大多數(shù)都在這條線上,但是有一個特例,,就是這里的Oase1個體,。他的尼安德特人成分非常高,遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了任何個體,。但這個個體不是最古老的,,他距今四萬年前,最古老的四萬五千年前的個體都沒有他的高,。通過研究,,我們首先知道,這個個體是在羅馬尼亞發(fā)現(xiàn)的,,而且距今大概四萬年前,。我們當(dāng)時取了非常少的骨粉,獲得了相關(guān)的基因組,。而且這個基因組告訴我們非常有意思的現(xiàn)象,,他有將近一半的染色體是跟尼安德特人有關(guān)系的。

結(jié)合我剛剛說的重組分布打斷的特點,,其實大家很快就能算出來,,他很有可能是很近發(fā)生的,當(dāng)然這里是一個染色體,。當(dāng)我們看到整個22對常染色體的時候,,我們就發(fā)現(xiàn)不光是這一個,還有別的地區(qū)都有這樣的特點,。所以利用他這個片斷的分布,,還有數(shù)據(jù)模擬,還有一些別的方法,,我們算出來對于這個個體來講,,四到六代之前有一個尼安德特人是他的直接祖先。

家譜樹

家譜樹

那么如果我們把他放在家譜樹上,,算他的含量,,他大概是在三到五代之間,如果利用尼安德特人的片斷計算,,大概是四到六代之間,,也就是說這個個體中的曾曾曾祖父母中,有一個尼安德特人。

這除了告訴我們它本身的含義,,還告訴我們一個信號,,整個現(xiàn)在的人群,他獲得尼安德特人(基因)很有可能是在近東這個區(qū)域,,而且是一次事件,,而且距今大概五到六萬年前。那么這個個體他是在羅馬尼亞歐洲,,而且距今大概四萬年前,,不到兩百代之內(nèi)就發(fā)生了。那么這至少告訴我們,,尼安德特人跟現(xiàn)代人的基因交流不是一次事件,,很有可能是多次,而且發(fā)生的地點也不局限于近東,,也有可能在別的區(qū)域也有,。大家獲得的信息只是其中的一部分,我們希望做更多的工作,,來了解我們是誰,,我們從哪里來。我們也希望我們能夠堅持下去,,永不放棄,!

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