直到最近，母體效應(yīng)還被認(rèn)為只不過(guò)是一種干擾,，即遺傳研究中的某種環(huán)境“誤差”來(lái)源,。但至少，遺傳學(xué)家確信在大多數(shù)物種（包括重要的實(shí)驗(yàn)室“模型生物”,，如果蠅和小鼠等）中,，父親只能將等位基因傳遞給它們的后代。然而，近期的研究揭示了許多父體效應(yīng)的例子,，包括小鼠,、果蠅和許多其他物種。事實(shí)上,，在有性生殖的物種中,，父體效應(yīng)可能與母體效應(yīng)一樣普遍。

后代可能受到環(huán)境和經(jīng)驗(yàn),、年齡,，以及父母雙方基因型的影響。環(huán)境因素（如某種毒素或營(yíng)養(yǎng)物）可能會(huì)導(dǎo)致親代身體發(fā)生改變,，從而影響后代的發(fā)育,。正如我們所看到的，身體機(jī)能隨年齡增長(zhǎng)而退化也會(huì)影響生殖功能,，以及可遺傳的非基因因素,，從而影響后代的發(fā)育。

親本中某種基因的表達(dá)影響后代表型的現(xiàn)象被稱為“間接遺傳效應(yīng)”,?；蛟S與直覺(jué)相反的是，這類效應(yīng)可以很好地放到非基因遺傳的范疇內(nèi),，因?yàn)樗鼈兪怯煞腔蛞蛩氐膫鬟f介導(dǎo)的,。例如，在親本中表達(dá)的特定基因可能會(huì)影響它們對(duì)后代的行為,，或者改變種系中其他基因的表觀遺傳特征,，從而影響后代的發(fā)育，即使后代并沒(méi)有遺傳該基因,。

對(duì)小鼠的研究提供了一個(gè)間接遺傳效應(yīng)的顯著例子,。薇姬·納爾遜（Vicki Nelson）及其同事通過(guò)不同的近交系小鼠品系培育出了除Y染色體外在基因上十分相似的雄性小鼠，接著他們提出了一個(gè)非常奇怪的問(wèn)題：雄性的Y染色體是否會(huì)影響其雌性后代的表型,？任何在高中生物學(xué)課堂中保持清醒的人都知道,，女兒不會(huì)繼承父親的Y染色體。因此,，按照經(jīng)典遺傳學(xué)的邏輯,，父體Y染色體上的基因不會(huì)影響其雌性后代。然而,，納爾遜和同事們發(fā)現(xiàn),，父體的Y染色體確實(shí)會(huì)影響雌性后代的多種生理和行為特征。事實(shí)上,，父體Y染色體對(duì)雌性后代的影響程度可以和父體常染色體或X染色體的影響相當(dāng),，后兩者都是雌性后代能繼承的。盡管我們還不知道其中的機(jī)制，但Y染色體上的基因肯定能以某種方式改變精子的細(xì)胞質(zhì),、精子的表觀基因組或精液的組成,，使Y染色體上的基因能影響沒(méi)有遺傳這些基因的后代的發(fā)育。

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