直到最近,，母體效應還被認為只不過是一種干擾，即遺傳研究中的某種環(huán)境“誤差”來源,。但至少,，遺傳學家確信在大多數(shù)物種（包括重要的實驗室“模型生物”，如果蠅和小鼠等）中,，父親只能將等位基因傳遞給它們的后代,。然而，近期的研究揭示了許多父體效應的例子,，包括小鼠,、果蠅和許多其他物種。事實上,，在有性生殖的物種中,，父體效應可能與母體效應一樣普遍,。

后代可能受到環(huán)境和經(jīng)驗,、年齡，以及父母雙方基因型的影響,。環(huán)境因素（如某種毒素或營養(yǎng)物）可能會導致親代身體發(fā)生改變,，從而影響后代的發(fā)育。正如我們所看到的，身體機能隨年齡增長而退化也會影響生殖功能,，以及可遺傳的非基因因素,，從而影響后代的發(fā)育。

親本中某種基因的表達影響后代表型的現(xiàn)象被稱為“間接遺傳效應”,?；蛟S與直覺相反的是，這類效應可以很好地放到非基因遺傳的范疇內(nèi),，因為它們是由非基因因素的傳遞介導的,。例如，在親本中表達的特定基因可能會影響它們對后代的行為,，或者改變種系中其他基因的表觀遺傳特征,，從而影響后代的發(fā)育，即使后代并沒有遺傳該基因,。

對小鼠的研究提供了一個間接遺傳效應的顯著例子,。薇姬·納爾遜（Vicki Nelson）及其同事通過不同的近交系小鼠品系培育出了除Y染色體外在基因上十分相似的雄性小鼠，接著他們提出了一個非常奇怪的問題：雄性的Y染色體是否會影響其雌性后代的表型,？任何在高中生物學課堂中保持清醒的人都知道,，女兒不會繼承父親的Y染色體。因此,，按照經(jīng)典遺傳學的邏輯,，父體Y染色體上的基因不會影響其雌性后代。然而,，納爾遜和同事們發(fā)現(xiàn),，父體的Y染色體確實會影響雌性后代的多種生理和行為特征。事實上,，父體Y染色體對雌性后代的影響程度可以和父體常染色體或X染色體的影響相當,，后兩者都是雌性后代能繼承的。盡管我們還不知道其中的機制,，但Y染色體上的基因肯定能以某種方式改變精子的細胞質,、精子的表觀基因組或精液的組成，使Y染色體上的基因能影響沒有遺傳這些基因的后代的發(fā)育,。

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