１９２９年１月,，朱云卿率領(lǐng)紅三十一團隨紅四軍主力進軍贛南閩西，開辟新的革命根據(jù)地,，在大柏地,、長岺寨等重要戰(zhàn)斗中率部擔(dān)任主攻任務(wù)。同年３月,，他調(diào)任紅四軍參謀長,。同年年底，朱云卿參加古田會議,，堅定地支持毛澤東的正確意見,。

１９３０年６月，朱云卿任紅一軍團參謀長,，８月,，任紅一方面軍參謀長。１９３０年底,，在中央革命根據(jù)地第一次反“圍剿”的龍岡戰(zhàn)斗中,，朱云卿協(xié)助毛澤東、朱德制定計劃,，部署部隊,，指揮作戰(zhàn)，對全殲張輝瓚師,、取得第一次反“圍剿”的勝利起了重要作用,，毛澤東稱贊他為“得力助手”。

１９３１年春,，朱云卿因勞累患重病住進江西省吉安縣東固醫(yī)院治療,，５月２２日，在醫(yī)院被國民黨軍殺害,，年僅２４歲,。

１９８３年,，朱云卿被中共中央軍委列入１９３位對中國革命做出杰出貢獻的軍事人物之一，載入《中國大百科全書·軍事》卷,。朱云卿故居于１９８７年１１月被梅縣人民政府定為縣級重點文物保護單位,。２０１２年，朱云卿故居被重新公布為梅江區(qū)文物保護單位,。