有批評(píng)者稱(chēng),，新規(guī)有太多的豁免。比如一些轉(zhuǎn)基因原材料如果經(jīng)過(guò)了“高度加工”,，最終產(chǎn)出的食品可由生產(chǎn)商自愿而非強(qiáng)制標(biāo)注,。這意味著，一些從轉(zhuǎn)基因作物提取的成分可能被排除在轉(zhuǎn)基因食品之外,，包括從轉(zhuǎn)基因甜菜提取的糖,、用轉(zhuǎn)基因玉米生產(chǎn)的玉米糖漿、轉(zhuǎn)基因菜籽生產(chǎn)的油等,。

美國(guó)致力于推廣有機(jī)農(nóng)業(yè)的組織“食品安全中心”認(rèn)為,，5%這一閾值設(shè)得過(guò)高，這樣會(huì)有許多使用了轉(zhuǎn)基因原材料的食品免于標(biāo)注,。該組織負(fù)責(zé)人安德魯·金布雷爾說(shuō),，美農(nóng)業(yè)部背叛了公眾的信任，剝奪了他們對(duì)食品生產(chǎn)過(guò)程的知情權(quán),。

還有一些組織從消費(fèi)者權(quán)益的角度批評(píng)新規(guī)對(duì)消費(fèi)者仍“不夠友好”,。比如，標(biāo)識(shí)文字沒(méi)有直接使用“轉(zhuǎn)基因食品”而用了“生物工程”,，大多數(shù)消費(fèi)者對(duì)這一說(shuō)法并不熟悉,。

此外，有人指出標(biāo)識(shí)方式過(guò)于寬泛，尤其是掃碼查詢(xún)的方式給生產(chǎn)商提供了隱藏轉(zhuǎn)基因信息的機(jī)會(huì),，因?yàn)樵S多低收入人群沒(méi)有智能手機(jī)。

目前,，主流科學(xué)界認(rèn)為市場(chǎng)上的轉(zhuǎn)基因食品可安全食用,。比如，美國(guó)國(guó)家科學(xué),、工程和醫(yī)學(xué)學(xué)院2016年曾發(fā)布報(bào)告確認(rèn),，轉(zhuǎn)基因食品對(duì)健康無(wú)不利影響。