四是一些地方突出環(huán)境問題沒有得到徹底解決,。烏魯木齊米東化工工業(yè)園區(qū)19家鋼鐵鑄造企業(yè)，11家無環(huán)保手續(xù),、4家無污染治理設(shè)施,。昌吉州呼圖壁天山工業(yè)園區(qū)至今未按要求建成污水處理廠，園區(qū)多家企業(yè)長期將污水違法排入園區(qū)外滲坑,。烏拉泊飲用水源是烏魯木齊市主要地表飲用水水源地,，但2013年以來，市政府及其發(fā)展改革,、規(guī)劃等部門先后批準(zhǔn)烏拉泊污水處理廠選址并建設(shè)在該飲用水水源二級保護(hù)區(qū),，并在其內(nèi)設(shè)置排污口，對水源安全帶來嚴(yán)重威脅,。

督察同時指出,，新疆兵團(tuán)有些師市環(huán)境保護(hù)主體責(zé)任落實不夠到位，管理機制尚不健全,，局部地區(qū)生態(tài)環(huán)境問題較為突出,。兵團(tuán)發(fā)展改革委未將伊犁黑蜂自然保護(hù)區(qū)內(nèi)的煤礦列入2016至2020年煤炭產(chǎn)能退出清單；工信委淘汰落后產(chǎn)能工作不力,，哈密億樂焦化公司2臺5萬噸/年蘭炭生產(chǎn)裝置按要求應(yīng)于2012年底前淘汰,，但至今仍未淘汰到位；國土,、旅游等部門2013年后仍在自然保護(hù)區(qū)內(nèi)違規(guī)審批水電站,、旅游等項目；林業(yè)局對自然保護(hù)區(qū)的日常管理嚴(yán)重缺位,，對保護(hù)區(qū)大量存在違法違規(guī)項目不監(jiān)管,、不制止。

部分區(qū)域污染治理工作不夠有力,。石河子市近年來陸續(xù)建成一大批能源化工企業(yè),，區(qū)域結(jié)構(gòu)性污染問題日益突出。2014年后仍違規(guī)新建36臺每小時10蒸噸以下燃煤鍋爐,；城中村大量供暖小鍋爐冬季污染問題突出,。2016年全市空氣優(yōu)良率較上年同比下降5.8%，2017年上半年細(xì)顆粒物平均濃度同比上升30%,。五家渠市近年來火電裝機,、電解鋁產(chǎn)能增長較快,，煤炭消耗量持續(xù)增長。2016年,，全市空氣優(yōu)良率較上年下降10.4%,，2017年上半年細(xì)顆粒物平均濃度同比上升12.5%。另外,，蘑菇湖水庫主要接納石河子市生活污水和工業(yè)廢水,，但石河子市2015年計劃建設(shè)的市污水處理廠提標(biāo)改造和中水回用工程，直到督察進(jìn)駐前才開工建設(shè),；城市污水收集管網(wǎng)不完善,，每天約6萬噸生活污水無法處理直排環(huán)境；市化工新材料產(chǎn)業(yè)園中水回用設(shè)施未能發(fā)揮作用,，每天約4000噸工業(yè)廢水直排水庫,。正是由于相關(guān)治理工作緩慢，導(dǎo)致蘑菇湖水庫水質(zhì)2013年以來持續(xù)為劣Ⅴ類,。