克拉瑪依市艾里克湖是自治區(qū)2015年批準的生態(tài)環(huán)境保護試點湖泊，但列入試點的治理工程進度滯后,，底泥疏浚,、圍欄禁牧等9個項目至今尚未下達資金，嚴重影響水質(zhì)改善。在入湖水量增加近1倍的情況下,，湖泊水質(zhì)仍由2014年Ⅴ類下降為2016年劣Ⅴ類。巴州博斯騰湖列入國家良好湖泊生態(tài)保護試點,，但相關(guān)治理項目進展緩慢,，博湖縣、大河口景區(qū)等污水處理廠或超標排放或不正常運行,，湖泊水質(zhì)沒有達到預(yù)期治理目標,。烏魯木齊市柴窩堡湖周邊長期超采地下水，嚴重影響湖泊補水,，導致湖面面積大幅度縮小,。

2017年8月31日,，中央第八環(huán)境保護督察組現(xiàn)場檢查發(fā)現(xiàn),，烏魯木齊市部分污水處理廠非法傾倒污泥侵占破壞國家級公益林。圖為工作人員對污泥進行現(xiàn)場取樣,。環(huán)保部供圖

三是有的地方存在損害生態(tài)環(huán)境問題,。2013年以來，博州國投公司參股博艾豐生物制品公司違規(guī)在艾比湖國家級自然保護區(qū)核心區(qū)開挖溝渠,，捕撈鹵蟲,，并取得分紅；博州水利局違規(guī)為博艾豐生物制品公司發(fā)放捕撈許可證,，收取漁業(yè)資源增值保護費,。礦山環(huán)境恢復(fù)治理滯后，全區(qū)已閉坑的礦山和政策性關(guān)閉的小煤礦,、砂石粘土礦等礦山破壞面積達到2165平方公里,，截至目前僅完成治理面積3.77%。吐魯番市艾維爾溝,、昌吉州硫磺溝等地濫采濫挖問題突出,，生態(tài)恢復(fù)嚴重滯后。

另外,，新疆水資源極其短缺,，但對國家地下水禁采、限采要求落實不力,。烏魯木齊市米東區(qū)2016年2月被劃定為地下水嚴重超采區(qū),，但截至2017年7月,，米東區(qū)仍有91家工業(yè)企業(yè)的149眼自備水井開采地下水,，大量抽取地下水導致該區(qū)域地下水位出現(xiàn)下降,。巴州庫爾勒市建成區(qū)2014年9月被劃定為地下水禁采區(qū)后，到目前為止,，禁采規(guī)定仍沒有落到實處,，2016年地下水水位較2013年最大下降2.18米，對全市生態(tài)環(huán)境構(gòu)成較大威脅,。