克拉瑪依市艾里克湖是自治區(qū)2015年批準的生態(tài)環(huán)境保護試點湖泊,，但列入試點的治理工程進度滯后，底泥疏浚,、圍欄禁牧等9個項目至今尚未下達資金,，嚴重影響水質改善。在入湖水量增加近1倍的情況下,，湖泊水質仍由2014年Ⅴ類下降為2016年劣Ⅴ類,。巴州博斯騰湖列入國家良好湖泊生態(tài)保護試點，但相關治理項目進展緩慢,，博湖縣,、大河口景區(qū)等污水處理廠或超標排放或不正常運行，湖泊水質沒有達到預期治理目標,。烏魯木齊市柴窩堡湖周邊長期超采地下水,，嚴重影響湖泊補水，導致湖面面積大幅度縮小,。

2017年8月31日，中央第八環(huán)境保護督察組現(xiàn)場檢查發(fā)現(xiàn),，烏魯木齊市部分污水處理廠非法傾倒污泥侵占破壞國家級公益林,。圖為工作人員對污泥進行現(xiàn)場取樣。環(huán)保部供圖

三是有的地方存在損害生態(tài)環(huán)境問題,。2013年以來,，博州國投公司參股博艾豐生物制品公司違規(guī)在艾比湖國家級自然保護區(qū)核心區(qū)開挖溝渠，捕撈鹵蟲,，并取得分紅,；博州水利局違規(guī)為博艾豐生物制品公司發(fā)放捕撈許可證,，收取漁業(yè)資源增值保護費。礦山環(huán)境恢復治理滯后,，全區(qū)已閉坑的礦山和政策性關閉的小煤礦,、砂石粘土礦等礦山破壞面積達到2165平方公里，截至目前僅完成治理面積3.77%,。吐魯番市艾維爾溝,、昌吉州硫磺溝等地濫采濫挖問題突出，生態(tài)恢復嚴重滯后,。

另外,，新疆水資源極其短缺，但對國家地下水禁采,、限采要求落實不力,。烏魯木齊市米東區(qū)2016年2月被劃定為地下水嚴重超采區(qū)，但截至2017年7月,，米東區(qū)仍有91家工業(yè)企業(yè)的149眼自備水井開采地下水,，大量抽取地下水導致該區(qū)域地下水位出現(xiàn)下降。巴州庫爾勒市建成區(qū)2014年9月被劃定為地下水禁采區(qū)后,，到目前為止,，禁采規(guī)定仍沒有落到實處，2016年地下水水位較2013年最大下降2.18米,，對全市生態(tài)環(huán)境構成較大威脅,。