印度尼西亞和馬來西亞圍繞三個(gè)方面提出爭議島礁主權(quán)屬于本國的主張：第一，1891年英國和荷蘭簽署的《劃分荷屬婆羅洲和處于英國保護(hù)下的國家之間的邊界的條約》（以下簡稱1891年《英荷條約》），馬來西亞和印度尼西亞對該條約第4條規(guī)定的解釋不同,；第二,，國家權(quán)利的繼承,，印尼作為布倫干蘇丹國的繼承者主張擁有這兩個(gè)島嶼的主權(quán),，而馬來西亞認(rèn)為自己從蘇祿蘇丹國的繼承了兩個(gè)島嶼的主權(quán)；第三,，有效占有和管理,。兩國分別舉證自己對兩個(gè)島嶼實(shí)施了有效的管理。

印度尼西亞認(rèn)為,，1891年《英荷條約》中第4條規(guī)定的北緯4°10′不是兩國的海域劃界線,，而是劃分該海域中島嶼歸屬的界限。由于這兩個(gè)島嶼位于北緯4°10′以南,，根據(jù)條約的規(guī)定,，主權(quán)應(yīng)該歸屬荷蘭所有。而印度尼西亞是荷蘭的權(quán)利繼承國,，因此,，這兩個(gè)島嶼屬于印度尼西亞所有。而馬來西亞方面則認(rèn)為,，條約第4條的內(nèi)容看,，北緯4°10′只是劃分婆羅洲東北部有關(guān)島嶼陸地邊界線以及向東延伸的海域邊界線,，并不是劃分海域中島嶼歸屬的界限,。在國際仲裁法院看來，1891年英荷條約只是對婆羅洲和賽比迪克島進(jìn)行了劃分,，而絕沒有對這些島嶼以外的其他海域中的島嶼進(jìn)行劃分,。

從國家權(quán)利的繼承角度看，印度尼西亞認(rèn)為,，這兩個(gè)島早期一直屬于布倫干蘇丹國所有,，后來根據(jù)條約轉(zhuǎn)給了荷蘭，而印度尼西亞是在反對荷蘭的殖民統(tǒng)治中獨(dú)立的,，因此這兩個(gè)島嶼應(yīng)當(dāng)屬于印度尼西亞,。對此，馬來西亞提出這兩個(gè)島嶼的主權(quán)首先由蘇祿蘇丹國所有,，后來轉(zhuǎn)移給了作為婆羅洲國家保護(hù)國的英國,，最后轉(zhuǎn)移給了馬來西亞。針對馬印尼兩國的各自主張,，法院分別考察了雙方的權(quán)利繼承條約鏈,，結(jié)論是兩國都無法證明通過國家權(quán)利繼承獲得兩個(gè)島嶼的主權(quán)。

印度尼西亞提出對兩個(gè)島嶼有效占有的證據(jù)有：荷蘭皇家海軍的軍艦,，以及后來的印度尼西亞海軍的軍艦一直在這兩個(gè)島嶼周邊海域巡航,；印度尼西亞的漁民一直在這兩個(gè)島嶼周圍海域捕魚；1960年2月18日印度尼西亞頒布了《印度尼西亞共和國水域法》明確劃定領(lǐng)海的基點(diǎn),，盡管在該法中并沒有直接指出這兩個(gè)島嶼的基點(diǎn),，但是不能解釋成這兩個(gè)島嶼不屬于印度尼西亞所有,。馬來西亞也認(rèn)為自己對這兩個(gè)島嶼進(jìn)行了有效占有，證據(jù)有：馬來西亞政府每年都在這兩個(gè)小島上捕捉海龜和收集海龜?shù)?，而海龜和海龜?shù)笆沁@兩個(gè)小島上非常重要的經(jīng)濟(jì)資源,；1933年英國在這兩個(gè)小島上設(shè)立了鳥類的棲息場所，此后馬來西亞一直都在管理這個(gè)場所,；20世紀(jì)60年代英屬北婆羅洲在這兩個(gè)島嶼上修建燈塔,，此后馬來西亞一直都對燈塔進(jìn)行行政管理。

法院仔細(xì)分析兩國提出的對爭議島嶼有效管理的證據(jù),，認(rèn)為詩巴丹島和利吉丹島是無人居住的島嶼,，而且沒有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，對兩國來說有效管理一般不但可能,。因此,，法院注重對爭議產(chǎn)生后國家有效管理的證據(jù)進(jìn)行考察。此時(shí)有效管理包括頒布有關(guān)法律和規(guī)章,，這些法律和規(guī)章必須明確說明爭議島嶼的名稱,。在本案中，法院認(rèn)為,，印度尼西亞1960年2月18日頒布的《印度尼西亞水域法》沒有明確提到詩巴丹島和利吉丹島,。印度尼西亞也沒有足夠的證據(jù)能夠證明荷蘭海軍以及印度尼西亞海軍在這兩個(gè)小島附近海域巡航。而印度尼西亞漁民的活動(dòng)不能視為是印度尼西亞政府的行為,?？傊《饶嵛鱽喬峁┑淖C據(jù)并不能充分證明其有行使主權(quán)的意愿和行使主權(quán)的能力,。對于馬來西亞提供的證據(jù),，在島上捕捉海龜和收集海龜?shù)啊⒃O(shè)置鳥類的棲息所,，法院認(rèn)為可以被視為是對這兩個(gè)小島行使有效管理的證據(jù),，因?yàn)轳R來西亞的法律和規(guī)章明文提到了這兩個(gè)島嶼。關(guān)于修建燈塔的行為,，一般情況下并不是行使主權(quán)的行為,。但是法庭認(rèn)為，在本案中應(yīng)該予以考慮,。法院認(rèn)為,，馬來西亞以及英國對這兩個(gè)小島的管理雖然不是很多，但是卻是非常多樣化的,，包括立法,、行政和準(zhǔn)司法行為。它們的管理進(jìn)行了很長的時(shí)間，充分顯示了行使主權(quán)的意圖,。而且,，法院注意到，在馬來西亞和英國行使這些主權(quán)的時(shí)候,，印度尼西亞和荷蘭從來沒有提出過抗議,。尤其是，在1962年和1963年馬來西亞在兩個(gè)島嶼上修建燈塔的時(shí)候,，印度尼西亞沒有提出任何抗議,。