印度尼西亞和馬來西亞圍繞三個方面提出爭議島礁主權(quán)屬于本國的主張：第一，1891年英國和荷蘭簽署的《劃分荷屬婆羅洲和處于英國保護下的國家之間的邊界的條約》（以下簡稱1891年《英荷條約》），馬來西亞和印度尼西亞對該條約第4條規(guī)定的解釋不同,；第二,，國家權(quán)利的繼承,，印尼作為布倫干蘇丹國的繼承者主張擁有這兩個島嶼的主權(quán),，而馬來西亞認為自己從蘇祿蘇丹國的繼承了兩個島嶼的主權(quán)；第三,，有效占有和管理,。兩國分別舉證自己對兩個島嶼實施了有效的管理。

印度尼西亞認為,，1891年《英荷條約》中第4條規(guī)定的北緯4°10′不是兩國的海域劃界線,，而是劃分該海域中島嶼歸屬的界限。由于這兩個島嶼位于北緯4°10′以南,，根據(jù)條約的規(guī)定,，主權(quán)應該歸屬荷蘭所有。而印度尼西亞是荷蘭的權(quán)利繼承國,，因此，這兩個島嶼屬于印度尼西亞所有,。而馬來西亞方面則認為,，條約第4條的內(nèi)容看，北緯4°10′只是劃分婆羅洲東北部有關(guān)島嶼陸地邊界線以及向東延伸的海域邊界線,，并不是劃分海域中島嶼歸屬的界限,。在國際仲裁法院看來，1891年英荷條約只是對婆羅洲和賽比迪克島進行了劃分,，而絕沒有對這些島嶼以外的其他海域中的島嶼進行劃分,。

從國家權(quán)利的繼承角度看，印度尼西亞認為,，這兩個島早期一直屬于布倫干蘇丹國所有,，后來根據(jù)條約轉(zhuǎn)給了荷蘭，而印度尼西亞是在反對荷蘭的殖民統(tǒng)治中獨立的,，因此這兩個島嶼應當屬于印度尼西亞,。對此，馬來西亞提出這兩個島嶼的主權(quán)首先由蘇祿蘇丹國所有,，后來轉(zhuǎn)移給了作為婆羅洲國家保護國的英國,，最后轉(zhuǎn)移給了馬來西亞。針對馬印尼兩國的各自主張,，法院分別考察了雙方的權(quán)利繼承條約鏈,，結(jié)論是兩國都無法證明通過國家權(quán)利繼承獲得兩個島嶼的主權(quán)。

印度尼西亞提出對兩個島嶼有效占有的證據(jù)有：荷蘭皇家海軍的軍艦,，以及后來的印度尼西亞海軍的軍艦一直在這兩個島嶼周邊海域巡航,；印度尼西亞的漁民一直在這兩個島嶼周圍海域捕魚,；1960年2月18日印度尼西亞頒布了《印度尼西亞共和國水域法》明確劃定領(lǐng)海的基點，盡管在該法中并沒有直接指出這兩個島嶼的基點,，但是不能解釋成這兩個島嶼不屬于印度尼西亞所有,。馬來西亞也認為自己對這兩個島嶼進行了有效占有，證據(jù)有：馬來西亞政府每年都在這兩個小島上捕捉海龜和收集海龜?shù)?，而海龜和海龜?shù)笆沁@兩個小島上非常重要的經(jīng)濟資源,；1933年英國在這兩個小島上設立了鳥類的棲息場所，此后馬來西亞一直都在管理這個場所,；20世紀60年代英屬北婆羅洲在這兩個島嶼上修建燈塔,，此后馬來西亞一直都對燈塔進行行政管理。

法院仔細分析兩國提出的對爭議島嶼有效管理的證據(jù),，認為詩巴丹島和利吉丹島是無人居住的島嶼,，而且沒有重要的經(jīng)濟價值，對兩國來說有效管理一般不但可能,。因此,，法院注重對爭議產(chǎn)生后國家有效管理的證據(jù)進行考察。此時有效管理包括頒布有關(guān)法律和規(guī)章,，這些法律和規(guī)章必須明確說明爭議島嶼的名稱,。在本案中，法院認為,，印度尼西亞1960年2月18日頒布的《印度尼西亞水域法》沒有明確提到詩巴丹島和利吉丹島,。印度尼西亞也沒有足夠的證據(jù)能夠證明荷蘭海軍以及印度尼西亞海軍在這兩個小島附近海域巡航。而印度尼西亞漁民的活動不能視為是印度尼西亞政府的行為,?？傊《饶嵛鱽喬峁┑淖C據(jù)并不能充分證明其有行使主權(quán)的意愿和行使主權(quán)的能力,。對于馬來西亞提供的證據(jù),，在島上捕捉海龜和收集海龜?shù)啊⒃O置鳥類的棲息所,，法院認為可以被視為是對這兩個小島行使有效管理的證據(jù),，因為馬來西亞的法律和規(guī)章明文提到了這兩個島嶼。關(guān)于修建燈塔的行為,，一般情況下并不是行使主權(quán)的行為,。但是法庭認為，在本案中應該予以考慮,。法院認為,，馬來西亞以及英國對這兩個小島的管理雖然不是很多，但是卻是非常多樣化的，包括立法,、行政和準司法行為,。它們的管理進行了很長的時間，充分顯示了行使主權(quán)的意圖,。而且,，法院注意到，在馬來西亞和英國行使這些主權(quán)的時候,，印度尼西亞和荷蘭從來沒有提出過抗議,。尤其是，在1962年和1963年馬來西亞在兩個島嶼上修建燈塔的時候,，印度尼西亞沒有提出任何抗議,。