舉例來(lái)說(shuō)，許多藥物以蛋白質(zhì)的合成過(guò)程為目標(biāo),?？股啬茏柚咕o密纏繞的DNA被解包和讀取,，阻塞RNA轉(zhuǎn)錄過(guò)程,，或者關(guān)閉將RNA分子轉(zhuǎn)錄,、翻譯為蛋白質(zhì)的分子工廠。在這些情況下,，人體細(xì)胞中的等同過(guò)程由不同形狀的酶完成,，并且不具有抗生素進(jìn)行工作時(shí)所需的相同“抓手”——如果一樣的話問(wèn)題就嚴(yán)重了,，這些過(guò)程的中止對(duì)人類(lèi)細(xì)胞來(lái)說(shuō)同樣致命,。

細(xì)菌的反擊

這是人類(lèi)與細(xì)菌斗爭(zhēng)故事中的進(jìn)攻部分,，但還有防御的部分：細(xì)菌具有反擊的傾向,。一種簡(jiǎn)單的防御方法是在抗生素造成傷害之前將其清除,，就像用水泵不斷從地下室抽水，防止被水淹沒(méi)一樣,。細(xì)菌的外排泵會(huì)不斷清除抗生素，阻止它們進(jìn)行工作,。一個(gè)外排泵可以通過(guò)識(shí)別和去除幾種不同類(lèi)型的抗生素來(lái)提供多重耐藥性,，從而成為難以對(duì)付的耐藥機(jī)制。

細(xì)菌還可以合成新的蛋白質(zhì),，在抗生素發(fā)揮作用之前斷開(kāi)并解除其功能結(jié)構(gòu),。這個(gè)策略最著名的例子或許是某些細(xì)菌產(chǎn)生的β-內(nèi)酰胺酶，又稱為盤(pán)尼西林酶（penicillinase）,。這種新的酶唯一的功能便是打開(kāi)具有彈性加載的β-內(nèi)酰胺四元環(huán)核心,，使其無(wú)法作用于細(xì)菌的細(xì)胞壁。這類(lèi)蛋白質(zhì)通常對(duì)一類(lèi)抗生素具有高度特異性,，不會(huì)對(duì)其他類(lèi)型產(chǎn)生作用,。我們用來(lái)對(duì)付這種耐藥機(jī)制的方法之一，就是將原有的抗生素與針對(duì)新酶的新抗生素打包在一起,。

細(xì)菌擁有的另一種防御策略是制造能與抗生素結(jié)合的蛋白質(zhì)酶,，作為分子“約束衣”，阻止它們抓住目標(biāo)并使其成為無(wú)助的旁觀者,。這些酶的工作機(jī)制是利用磷?；⒁阴,；?、核苷酸基、糖基或羥基等化學(xué)基團(tuán)與抗生素的關(guān)鍵部分結(jié)合，阻止它們與細(xì)菌的目標(biāo)部位結(jié)合,。通常而言,，這些酶只對(duì)某一抗生素家族起作用，因此交叉耐藥性并不是問(wèn)題,。