行政管理方面，漓江雖然是國家AAAAA級景區(qū),，但它又是一條開放性的自然河流,，具備適航條件，也是沿岸居民生產(chǎn)生活的重要資源,，依照我國現(xiàn)行管理體制,，海事部門負責游船的運輸安全，園林部門負責兩岸綠化美化,，農(nóng)業(yè)部門負責兩岸農(nóng)業(yè)生產(chǎn),，漁政部門負責水面及流域的漁業(yè)生產(chǎn)，環(huán)保部門負責環(huán)境保護,，市容部門負責衛(wèi)生保潔,，旅游部門通過景區(qū)服務(wù)標準對旅游服務(wù)進行業(yè)務(wù)指導(dǎo)，安全生產(chǎn)監(jiān)督管理部門負責安全生產(chǎn),，漓江管理局負責治安,、建設(shè)和保護,，沿岸基層政府管理社會民生，眾多部門共同管理漓江,，卻在諸多環(huán)節(jié)或者出現(xiàn)管理空檔,，或者產(chǎn)生管理重疊，職責邊界不清,，管理效率低下,。以市場監(jiān)管為例，近年來不但投訴較為集中,，也發(fā)生了數(shù)次安全事故,。要從根本上解決漓江旅游市場秩序問題，必須從旅游資源管理一體化入手,。目前,，桂林市已經(jīng)在著手考慮設(shè)立漓江風景名勝區(qū)管理委員會，并以此為平臺,，將上述相關(guān)部門的管轄區(qū)讓渡到管委會手中,，實行統(tǒng)一管理協(xié)調(diào)。新機構(gòu)設(shè)立后,，漓江旅游多頭管理的突出問題有望得到較好解決,。

經(jīng)營機制方面，目前的漓江景區(qū)仍然實行1988年確立的“四統(tǒng)一”管理體制,，即“統(tǒng)一調(diào)度、統(tǒng)一票價,、統(tǒng)一售票,、統(tǒng)一結(jié)算”。當年推行“四統(tǒng)一”,，是在計劃經(jīng)濟條件下,，為了有效扼制惡性降價競爭而采取的行政措施，當時也確實起到了較好的效果,，漓江游船企業(yè)效益普遍上升,，地方政府也從中獲得較大收益。以2007年為例,，漓江主要航線(磨盤山,、竹江碼頭一陽朔碼頭)承載游客達230萬人次，地方政府直接獲利2.3億元(不含稅收部分),，各游船企業(yè)也賺得盤滿缽滿,。近年來，我國旅游業(yè)迅猛發(fā)展,，旅游市場發(fā)生了極大變化,，旅游者的需求多樣性日顯突出,。在市場格局發(fā)生巨變的情況下，漓江經(jīng)營仍然堅守“四統(tǒng)一”,，已經(jīng)明顯不合時宜,，具體表現(xiàn)有：游船企業(yè)積極性無法調(diào)動，游船服務(wù)嚴重落后于市場需求,，服務(wù)質(zhì)量屢遭投訴,。至2013年，漓江主要航線承載游客約為130萬次,，較2007年下降了約40%,，政府收入大幅下降，游船企業(yè)面臨收入減少和成本上升的雙重壓力,，更是虧損重重,，苦不堪言。由于效益不佳,，人才大量流失,，服務(wù)質(zhì)量呈現(xiàn)明顯滑坡。2011年,，國家旅游局對漓江景區(qū)下達了整改通知書,。雖然地方政府通過加大基礎(chǔ)投入、嚴格質(zhì)量監(jiān)督等手段,，在規(guī)定時間內(nèi)完成了整改要求,，但漓江旅游發(fā)展的深層次矛盾并沒有得到切實解決。